找教职中，求问 国内有冷冻电镜或者在采购置办仪器中的学校或者研究机构有哪些？

热度 1 陈颖 2021-9-6 21:08

如题。最近开始在国内找教职了。因为是结构生物学专业，所以希望了解国内有冷冻电镜（200kv，300kv direct detector皆可）的单位有哪些。 最近做了一些搜索，在网上找没有找到列表，只能一个学校一个学校的去学院下面看，感觉效率太低。 所以想问各位大侠在哪里可以查到比较全面的信息。谢谢！ 另附 个人简 ...

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关于硒代重原子解结构的基本流程

热度 1 陈颖 2015-8-14 02:13

下面是基本流程。详细过程等有空了再码字吧。。。 1. 用xds 处理数据。编辑xds.inp, 注意选择FRIEDEL'S_LAW=FALSE. 其余照常处理。 2. 用xscale scale数据。 3. 用xdsconv将数据convert成file.mtz. 4. 使用hkl2000（shelxCDE)寻找重初始原子位置， 调整不同的参数（estimate重原子的个数，使用不同的分辨率 ...

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关于b因子： difference between wilson B, average B

陈颖 2013-1-13 04:25

http://www.stampcollectingproject.org/crystallography/refinement/temperature-factor B factor 是用来表示原子的热稳定性的一个温度因子。 原子会在自己的位置上震动。因为在连续晶胞中的同一原子会处于不同的震动位置，他们所展示的x－ray衍射所表示的原子的大小其实是大于原子本身的大小的。所以在计算原子位置时需要 ...

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分子置换的步骤

热度 3 陈颖 2011-5-30 19:27

1.对同源蛋白质的PDB文件进行编辑。去掉无同源性的部分，去掉水分子，以形状更接近于球形的部分为模型。（如果model为多聚体，一般用单体作为模板） 2.使用CCP4将sca文件转化为mtz文件。（data reduction--import merged data--填好文件路径等) 3. 使用cell content analysis进行蛋白质结构中的聚集态分析。（Mol ...

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PA01基因敲除求助~~+结构修正新得

陈颖 2010-7-11 10:43

好久没上来写东西了，最近有点小忙~ 总算得闲，过来舒舒。 嗯，最近呢，结构修的差不多了，接下来就看生化喽，虽然生化现在正在遭遇瓶颈~~ 也还是要加油啊~~ 说到生化呢，现在有一问题要咨询各位大侠，有没有人做过PA01的基因敲除啊，现在很迷茫的说，对于要用的载体啊，抗性基因来源啊，培养方法啊什么的都很have n ...

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关于结构修正的一些小tips

陈颖 2010-6-5 14:53

本文主要总结一下最近这几天进行结构修正时遇到的问题和用到的的小tips： 1. 前面说过，结构是N聚体的话看拉氏构象图上红点的位置太多，很乱，希望可以每条链单独看。不知有什么办法。 一个小tips就是用VIM把pdb截成单链，分别打开修正。这样拉氏上就会只显示一条链的红点了。 这样的问题就 ...

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结构解析和修正流程

热度 3 陈颖 2010-6-5 11:20

以下是我总结的晶体结构解析方法： I 分子置换法 使用condition：目标蛋白A有同源蛋白结构B，同源性30%以上。 用到的软件及程序： HKL2000, CCP4, COOT, Phenix, CNS, 解析过程： 收集数据（X-RAY）-- hkl2000 处理数据-- 置换前 ...

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修结构新番总结

热度 1 陈颖 2010-6-5 09:22

这几天一直做在工作站前修结构，修的眼睛累死了~ qq，校内基本没来的及上~ 看见电脑就眼睛疼工作站果然很强大，比自己的本本好多了。 额，闲话少叙，总结一下这几天的收获先~ 从拿到老师给大致搭好氨基酸残基位置的model.pdb 及相应的 .sca .mtz文件后，我修结构开始大致经过了如下几个过程： （1 ...

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