此博文记录一下在linux下安装LEfSe的过程

   下载好LEfSe之后，目录下有个requirements.txt文件，其中要求

   R下利用install.packages("")在线安装相关的包，在安装mvtnorm时，出现报错信息

   goole查询到http://stackoverflow.com/questions/335928/ld-cannot-find-an-existing-library，按照此方式，locate

libgfortran.so，发现有libgfortran.so.3和libgfortran.so.3.0.0，于是建立libgfortran.so.3的软连接为libgfortran.so，然后再重新install.packages(“mvtnorm”)，成功安装

   python的包利用pip install *进行安装，发现rpy2出现如下报错信息，

   locate相应的*.h文件，在/usr/include下建立相应的软连接，然后再pip install rpy2，成功实现安装。

   再使用run_lefse.py进行测试时，出现报错信息

google检索到http://stackoverflow.com/questions/30968865/could-not-install-rpy2-correctly，以为是R和python的问题，为此重新安装了python和R，运行时依然出现同样的报错，此时怀疑是否rpy2没有安装成功，为此下载rpy2本地利用python setup.py install进行安装，报错信息提示：

“R was not built as a library"

google进一步检索，http://stackoverflow.com/questions/16204246/installing-python-module-rpy2-after-installing-enthought-canopy，猜测是R安装时未进行编译导致的出错，于是R安装时./configure --enable-R-shlib，加上参数“--enable-R-shlib”实现安装。

   然后再安装rpy2正常，安装LEfSe需要的包正常。测试结果如下