samtools是目前广泛使用额关于处理bam/sam文件的工具。从测序仪得到的fastq文件经过mapping后得到二进制的bam文件，而sam则是它的十进制版本。

   sam文件的格式：每行代表一条read信息，并用制表符分成12个部分，每一部分含义如下：

我们来看下面这个例子：

NS5--3943为这段read的ID，147为flag(下面讲)，chr10 60794为read所在染色体及位置；20是测序质量；36M表示36个位置全部map上。主要用的信息是这些，后面为36个碱基测序结果以及每个位置上的map质量。

Flag：

其中第二个位置Flag包含了大量有用的信息，需要注意的是这里要将十进制数化为二进制然后比对每个位置上01分布；

   samtools几个常见应用：

   bam->sam:

samtools view -h file.bam > file.sam samtools view -b -S file.sam > file.bam

   用IGV等可视化bam文件前的sort，index：

samtools sort file.bam file.sort

samtools index file.sort.bam file.sort.bam.bai

   .fa文件的index：

samtools faidx file.fa