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NIPT发展方向:拓展到其它常染色体异常和CNVs异常

已有 8622 次阅读 2016-7-4 08:13 |系统分类:科研笔记| NIPT, 无创产前基因检测, 随访

上周,瑞士生物信息研究所以及几个生物基因组实验室的研究人员在Nature出版集团旗下期刊《Genetics in Medicine》上刊登了一篇关于无创产前基因检测(NIPT)的文章。该文章基于6388例独立样本的临床试验、核型分析以及孕后随访,建议现行的NIPT产品检测范围应该从传统的常见染色体异常(21、18、13号染色体)和性染色体异常检测,拓展到其它常染色体异常和拷贝数异常(CNVs)。


NIPT是一项通过抽取孕妇的血来检测胎儿健康状况的技术。NIPT产品的检测范围目前仅仅局限在常见染色体数目异常和性染色体异常。而这部分异常只占临床意义明确的非整倍体异常的75%-85%。由于较低的敏感度和测序深度,是否将NIPT检测范围拓展到其它常染色体异常和CNVs一直都存在争议。


尽管现行NIPT检测产品在亚染色体水平上的检测精准度仍然受到质疑,美国NIPT检测公司Natera 和 Sequenom已经将检测范围扩展到DiGeorge综合征、1p36 缺失综合征、Angelman综合征、猫叫综合征和Prader-Willi综合征。


在该项研究的6388名受检者中,共检出258例异常,包括119例常见染色体异常、53例性染色体异常、50例其它常染色体异常和36例CNVs异常。其它6130名受检者为正常。


研究人员随后通过核型分析以及孕后随访,对NIPT结果进行验证。检测结果验证了NIPT在常见染色体异常(21、18、13染色体)的高检出率和低假阳性率。在对常见染色体异常的检测中,只出现了2例假阴性(均是18染色体)。一例是因为胎儿DNA浓度太低,一例可能是因为胎儿嵌合体。


在53例性染色体异常受检者中,38例为OX(性染色体缺失一条),10例XXX(女性多一条X染色体),5例Klinefelter综合征 XXY(男性多一条X染色体)。研究人员对24名 OX, 4名XXX和1名 TXS进行了核型验证,发现17例假阳性(均来自OX),0例假阴性。在对3例OX高风险受检者随访发现:2例假阳性,1例临床意义未明。


在50例其它常染色体异常受检者中,研究人员对19名进行了核型分析和分子鉴定。3名受检者22号染色体异常,2名16号染色体异常,6名7号染色体异常。其它7名受检者被认为是正常二倍体。随访结果显示误诊率仅为0.71%。


在36名CNVs异常受检者中,研究人员对11名进行了核型分析、Microarry和FISH分析,确诊了8例CNVs异常,有3例假阳性。后期随访发现1例假阴性(4号染色体10MB片段缺失)。


基于以上的检测数据,瑞士的研究人员认为将基于胎儿游离DNA的NIPT检测范围扩大(从常见染色体异常和性染色体异常扩展到其它染色体异常和CNVs异常)是有必要的,这也是该类产品未来的发展方向。


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