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试读春雨老师新一代基因编辑技术的论文 精选

已有 27046 次阅读 2016-5-9 07:36 |个人分类:自然科学|系统分类:科研笔记

52日,Nature系列顶级刊物《自然生物技术》在线发表,来自河北科技大学生物科学与工程学院青年教师韩春雨副教授“DNA-guided genome editingusing the Natronobacteriumgregoryi Argonaute”的重大原创性论文。文章瞬间刷爆微信朋友圈,这里面有两层原因,其一,该项新的基因编辑手段对目前热火朝天的CAS9技术提出了挑战;其二,领导该项研究的青年老师所在的单位和个人基本上籍籍无名。

到底这个研究为什么会有这样大的轰动,可以说一直关注生物医学进展的本人这次缺乏敏感性,今天早上才好好阅读这篇文章,因为分子生物学技术不是内行,只能看个大概。庆幸的是,文章写的比较通俗易懂,根据个人初步阅读理解,转告大家。

当今CAS9技术是利用RNA作为目标导向的基因编辑技术,存在一定问题,例如容易脱靶等,所以许多科学家都挖空心思地改造这个技术。Argonautes是研究了很长时间的一种酶,主要是作为调节RNA干扰系统所谓沉默复合体的有关研究。这个酶和CAS9有共同的生物学作用,也是对抗外源基因表达。不同的是CAS9只能依靠RNA作为指导,Argonautes不仅能依靠RNA也能依靠双链DNAArgonaute有效地利用单链脱氧核糖核酸为介质精准地切割基因组靶点,这一现象最早是由荷兰瓦赫宁恩大学的约翰-范德欧斯特研究组发现。

何不利用这个特点,设计成能用DNA作为指导的新型基因编辑技术,不好的消息是,已经发现的Argonautes Thermus thermophilus(TtAgo) Pyrococcus furiosus (PfAgo))利用DNA的酶需要在65度以上才能发挥作用,这无法实现在活体细胞中编辑的目的,显然只要克服这个缺陷就可以实现目的。韩老师的基本思路是从蛋白质库中找存在类似功能序列的蛋白质,他们利用已经发现的Argonautes作为线索,通过PSI-BLAST技术附和前面两个酶特定氨基酸序列特征,尝试找到能在体温37度左右条件下工作的新酶,就是haloal­kaliphilic archaebacteriumN. gregoryi SP2 (NgAgo, protein identifier AFZ73749.1)。于是运气来临,使用这个酶设计出的利用DNA位导引的基因编辑系统,确实能结合双链DNA并靶向切割,当然少不了对这些切割的特点进行分析,例如需要磷酸化末端修饰什么的特征。然后继续研究证明这个系统效率高,很多场景都能用,更重要的是精确度特别高,不容易出错。最后是证明这个系统能进行基因组外源基因插入,Cas9这个的过程容易脱靶。所以新版基因编辑技术从工作效率到工作准度,都完胜大热门Cas9技术。是的,我们知道Cas9先是修饰细菌、真菌,真核、哺乳动物细胞和个体、人类细胞甚至胚胎修改等这样的工作序列,每个步骤都引起轰动,甚至因为伦理学问题不断引起大家关注。新的韩春雨版基因编辑技术系统一次性把上述工作彻底解决,将成为基因编辑领域的冲击波,2017年会大量出现相关论文,当然这个技术存在的不足也会不断被发现认识然后克服。

韩春雨版基因编辑技术(NgAgo-gDNA)更适合人类基因组编辑,性能超过最时髦的CRISPR-Cas9技术。这一发现会开启基因组工程的新篇章,之前基因组工程研究是基于RNACRISPR-Cas9TALEN等,锌指蛋白也是基于DNA,但没有实现可编码的优势。强势新技术优点主要是这种技术的灵活性、准确性和广泛适应性。Cas9需要19RNA碱基,在需要编辑的基因组上这19个碱基后面必须紧邻一个特征三碱基序列(PAM序列),这限制了gRNA的设计局限性,新版编辑技术不需要PAM序列,增加了技术灵活性。一般情况下,广谱性往往需要以精准性降低为代价,但是韩春雨版基因编辑技术没有这个问题,不仅具有灵活性,也同样具有精确性。因为NgAgo结合24个碱基gDNA,比Cas919个碱基gRNA5个,理论上其精确性要提高1024倍。韩春雨版系统对向导序列-靶序列错配容忍度很低。gDNA上任何一个碱基的变换都会降低NgAgo的切割效率,如有三个错配则使其完全失活。这在另外一个机制上提高了NgAgo使用的精确性,特别是一些富含GC序列的地方,NgAgo系统比Cas9系统效率更高。NgAgo需要5’端磷酸化的单链DNA 5p-ssDNA),这种DNA在哺乳动物细胞几乎不存在,这保证了NgAgo不会被内源的DNA序列误导,产生错误编辑现象。外源5p-ssDNA转化到细胞,时间浓度可以精确控制。Cas9系统gRNA是内源表达,难以精确地控制。(本段参考网络信息)

后语,这个工作将来一定会引起广泛关注,国家可以重点投入,将初步的胜利扩大应用范围,用于基因编辑,畜农作物基因改良,利用这个技术可进行干细胞转化,人类基因治疗,动物疾病模型制备。一些生物技术公司会利用这个思路建立各种技术服务项目。个人生物技术爱好者会利用这个方法进行各自希望的基因编辑。这个文章或许会影响基因编辑领域诺贝尔化学奖的分配模式,或许韩老师的新技术将成为一匹诺贝尔奖黑马,成为中国生物医学领域的最大黑马,登上世界科学舞台。

阅读Cas9相关文章的时候,多次曾经觉得为什么用RNA作为引导,而不是DNA,但是为什么就没有考虑到可以找到这种系统,将来是否有更理想的编辑系统。因为水平有限,可能存在错误理解,敬请指正。



韩春雨事件
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