上次提到openbabel的python插件很好用,这里举个例子。
openbabel默认显示图片是用一个弹出的窗口,这里稍加修改,让图像内嵌在ipython文档中。
修改 path_of_pylib/python2.7/site-packages/pybel.py, 约670附近,#是原代码,后面四行是修改的
#root = tk.Tk()
#root.title((hasattr(self, "title") and self.title)
# or self.__str__().rstrip())
#frame = tk.Frame(root, colormap="new",
# visual='truecolor').pack()
#image = PIL.open(filename)
#imagedata = piltk.PhotoImage(image)
#tk.Label(frame, image=imagedata).pack()
#tk.Button(root, text="Close", command=root.destroy).pack(
# fill=tk.X)
#root.mainloop()
from matplotlib.pyplot import imshow
import numpy as np
pil_im = PIL.open(filename)
imshow(np.asarray(pil_im))
效果如下:
![](http://image.sciencenet.cn/album/201605/03/1929366rmamx2m906zr717.png)
或者更复杂一些:
![](http://image.sciencenet.cn/album/201605/03/1929377m7t81mimn7manlt.png)
还有:
![](http://image.sciencenet.cn/album/201605/03/192937bvqurcrbac1bvkrq.png)
另外openbabel的python接口pybel允许建立和直接编辑分子的原子和键:
![](http://image.sciencenet.cn/album/201605/03/194955iq79q7tlyuvvuurl.png)
保存出来坐标文件:
![](http://image.sciencenet.cn/album/201605/03/195238tcg8r02tu3g3rcc8.png)
https://blog.sciencenet.cn/blog-637394-974607.html
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无题