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EasyCodeML 使用指南
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一. EasyCodeML 的主要功能有哪些？
（1）预置模式让用户彻底告别原CodeML晦涩高深的操作，只是轻松点击即可完成，尤其适合新手使用；
（2）自定义模式让用户根据需要随时调整或修改相关参数，适合于CodeML老手使用；
（3）可视化标记树的分支，所见即所得，具有高效、准确等特点，还可以避免由手动修改造成误标问题；
（4）自动完成LRT分析，让用户省去繁琐处理过程，生成的结果还可以直接导出Excel文档，可直接用于发表；
（5）支持文件或文件夹拖曳功能，工作目录、序列文件和树文件，可以直接拖入对应的输入框内；
（6）支持多线程操作，主要应用于Site model，多线程运行可以充分利用计算机资源；
（7）支持跨平台功能，可以运行于Windows、Mac OS和Linux三大操作系统。
二、EasyCodeML工作流：
（2）模式选择：支持Preset 和Custom模式可供用户选择，前者内置四种模型，包括Branch model、Branch-site model、Site model和Clade model，每个模型至少都有一组成对模型：零假设模型（Null model ）和备选假设模型（Alternative model），其中Site model还内置三组成对模型（M0 vs. M3，M1a vs. M2a, M7 vs. M8）；后者类似PamlX功能，单一模型运行，主要便于提供用户自定义修改相关参数。
（3）保存配置：保存设置参数后，即可按下Run CodeML按钮自动开始分析。
（4）LRT分析：在Preset 模式下，当成对模型运算结束后，EasyCodeML自动LRT分析，并将结果直接呈现出来；在Custom模式下，运行结束后，用户可以点击菜单栏“Tools”下的“LRT Calculator”，分别输入对应选项的数值进行LRT分析。
（5）结果输出：Preset 模式下的LRT结果，可以主要参数及数值导出到Excel，便于用户整理；
三、问题答疑：
答：EasyCodeML是由Java编译的，该软件同时支持Mac OS和Linux系统，已经预编译好对应操作系统的版本，不需要用户进行复杂的编译操作，只需点击EasyCodeML.jar，系统后台自动完成对应操作系统版本的替换后即可使用。为保证该程序的所有功能正常使用，系统中的JAVA必须要求1.8或更高版本。可以通过命令行查看系统Java版，如下图所示：
2. Preset 模式很方便，但预置的参数还能修改么?
答：虽然EasyCodeML预置了参数，但还是可以修改，在该模式下选择四个模型之一后，比如：SM，可以通过用菜单栏上的“Control File Editor”工具载入、修改并保存EasyCodeML/Preset/SM/下M0、M1a等6个子目录内的codml.ctl文件，此时返回主界面，点击Run CodelML按钮即可…
Raindy 注：此法永久性修改预置模式参数，需慎重！！！
3. 如何使用EasyCodeML 可视化标记分支？
答：载入Newick格式的树文件后，点击“Label”按钮，自动弹出操作窗口，Branch model和Branch-site model直接选择一个分支后，该分支将红色显示，并自动标记上#1符号，点击“Finished”返回即可；Clade model下，选择一个分支后，该分支及其子分支也以红色显示，并自动标记上$1符号，Clade model最多支持标记五个Clade，并以$1，$2，...$5顺序标记。
4. 如何使用EasyCodeML进行LRT分析 ？
答：
（1）自动方式：预置模式下，EasyCodeML在CodeML分析结束后，自动进行LRT分析，在主界面显示LRT结果；用户还可以通过前一次保存的结果，只需要先选择之前保存的工作目录，然后通过预置模式下的“Run LRT”即可查看结果，如下图所示：
（2）手动方式：由自定义模式或原始CodeML运算的结果，也可以借助EasyCodeML的菜单栏上的“LRT Calculator”进行分析，只需要输入相关的参数，如两个成对模型的Ln和df值，然后点击“Run”即可查看结果，如下图所示：
5. 正式文章如何引用EasyCodeML ？
答：由于手稿正在准备，如果您发表文章引用我们的EasyCodeML，我们建议这样引用文献：
Gao F and Chen J, 2016. EasyCodeML: an interactive visual tool for CodeML analysis.
还有问题等您的反馈...
https://blog.sciencenet.cn/blog-460481-974600.html
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