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R语言将ab1文件表格化
#作者信息 熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 明湖实验室 |
背景:我们从基因测序公司拿到的常规测序结果格式往往如下 “XCB1-A02_COIF_TSS20160322-028-1869_A04.ab1”如果我们批量送样的话,其中有我们的这个样品在96孔板上的编号,但是测序仪在测序的时候往往对应的又给这个样一个位置编号(你知道为什么吗?),例如以上这个号中的第一个“A02”,和第二个“A04”都是这个样的位置编号,测序结果回来将ab1和我们的实验样品记录进行一一对应是必须要做的工作,如果要使用R语言提高效率的话,少不了要提取这些位置信息,以下一个R语言函数可以实现将ab1文件名表格化,方面提取相关位置信息。
# 预装函数 #R语言将ab1文件表格化 #输入为ab1文件存放的位置,path.ab1,最好不好把它作为当前工作目录 #结果返回一个表格mat
mat.ab1 <- function(path.ab1){ …… } #原始代码已在发布24小时后删除 |
#使用方法 path = "D:……" path.ab1 = "D:……" setwd(path) mat = mat.ab1(path.ab1) |
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GMT+8, 2024-10-19 23:20
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