Linux 之 Ubuntu下安装R及Rstudio Bioconducte

R是生物信息中常用到的统计分析的基础工具,是一个强大且相对简单易学的开源的统计计算和作图语言。BioConductor是建立在R语言环境上的生物芯片数据和基因组数据分析软件包。

最简单的方法：

1、打开终端，先按下组合键Alt + Ctrl + T 打开，或在桌面右击选择打开终端。

2.输入代码:

sudo apt-get update

sudo apt-get install r-base

sudo apt-get install r-base-dev

 到此,安装基本完成，过程需要一点时间.

另外的方法,就是去R官方下载网页 (https://cran.r-project.org/mirrors.html) 上找到适合自己的镜像链接，可以选择国内的（China）的一个镜像站点。

China

*（Windows用户，选择Download R for Windows。再选择base，最后点击Download R3.2.3 for Windows 。下载好后，按照提示自行安装。）

RStudio是R的集成开发环境，有我们比较熟悉的图形界面。在浏览器中输入网址https://www.rstudio.com/，进入RStudio官方网站。点击“DownloadRStudio”进入链接https://www.rstudio.com/products/RStudio/。选择server版本,可以看到下面的安装提示.

以64bit为例
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-0.99.879-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-0.99.879-amd64.deb

官网可以看到下面的安装提示

http://bioconductor.org/install/

1.在终端输入R,打开R控制台，

2. 在R控制台输入：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite()

自己选择更新安装包等.

备注:

1.更多安装设置,可以看官网http://master.bioconductor.org/install/ .

2. 如果想安装一些package，这里可以看BioConductor中所有package的列表.

http://bioconductor.fhcrc.org/packages/1.9/bioc/

3.BioConductor的使用文档教程之类的可以在这里找到。http://master.bioconductor.org/help/