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!phonopy有个网站,上面有很多东西可以学习!
phonopy -d --dim =" 2 2 3" 扩胞,原则是a, b, c 都大于10, 原子数不少于70个。
要保证扩胞后的空间群和扩胞前的一致, 如果有必要, 可以设置精度:--tolerance = 0.01
对扩胞后的结构跑vasp, 提任务脚本:job.sh:
#/bin/sh
for i in 13 14 15 16
do
mkdir $i
cp IN* POT* vasp.pbs $i
cp POSCAR-0$i $i/POSCAR
cd $i
qsub vasp.pbs
cd ..
done
待所有的POSCAR都跑完(有时无法生成力文件就是因为个别POSCAR没跑完), 就可以提出数据画图了:
要所有的vasprun.xml 文件:(脚本cp.sh)
#/bin/sh
for i in 17 18 19 20 21 22 23 24
do
cp $i/vasprun.xml ./vasprun.xml-0$i
done
phonopy -f vasprun.xml* 生成力文件。
准备INPHON:
ATOM_NAME = Li B C
DIM = 2 2 3
#LSUPER = .TRUE.
#MP=20 20 20
#ND=7
#NPOINTS=50
#QI = 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 -0.333 0.667 0.5 -0.333 0.667 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 0.0 0.0 0.5 0.5
#QF = 0.0 0.0 0.5 -0.333 0.667 0.5 -0.333 0.667 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 0.0 0.0 0.5 0.5 -0.333 0.667 0.5O
BAND = 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 -0.5 0.0 0.5 -0.5 0.0 0.0 -0.5 0.5 0.0 0.0 0.5 0.0 0.0 0.5 0.5 -0.5 0.5 0.5
BAND_POINTS = 51
phonopy -p INPHON, 直接可以看下图。
bandplot --gnuplot > phon.dat , 导出数据,命名为phon.dat, 在origin 里可以画声子图。
扩胞后只有一个POSCAR, 影响计算声子。解决办法如下:
创建文件 INPHON-dis:ZPE:
zero-point-energy叫零点振动能: 我理解就是:0K下,原子有量子效应, 也震动,那个震动的能量就是ZPE。
计算的enthalpy+ZPE可以认为是自由能。
你计算的enthalpy+ZPE可以认为是自由能
声子计算完之后的数据处理过程:
cp INPHON INPHON-dos
在INPHON-dos里,加上MP = 8 8 8 (#8 8 8 是你要用的网格。K点644,网格用20 10 10吧);BAND的全屏蔽掉
phonopy -t INPHON_dos, 得到thermal_properties.yaml就可以读出ZPE:最上面free energy就是zPE, kj/mol换成eV乘以0.010364,这是所有原子的,相应转换就行了。
PdDOS:
phonopy -t -p INPHON_dos,这样zpe和dos都出来了
数据处理:bandplot --gnuplot mesh.yaml > phdos.dat
http://atztogo.github.io/phonopy/vasp.html#vasp-dfpt-interface
王晖老师建议用线性相应理论来算声子, 这个只有一个结构,和之前的方法不同。按照上述链接可以做, 我还没有试过。
由于super cell方法计算有可能造成由于扩胞不够大而导致的Gamma点出现非真实虚频的情况, 所以,通常我们认为,扩的超胞越大,算得越准。但是我zai 这里发现反常, 如下图。左侧为2*2*1supercell, 右侧为3*3*1supercell。我认为是右侧的没有算准,因为supercell 的a,b,c 差别较大导致的。
zzu002@mu01old]$ head 221/SPOSCAR
SPOSCAR
1.0
7.4527997969999999 0.0000000000000000 0.0000000000000000
0.0361351390000000 7.4527121954000002 0.0000000000000000
0.0000000000000000 0.0000000000000000 7.6539001464999998
32 32
Direct
0.3838950100000000 0.1161049975000000 0.5000000000000000
0.8838950100000000 0.1161049975000000 0.5000000000000000
0.3838950100000000 0.6161049975000000 0.5000000000000000
[zzu002@mu01 old]$ head 331/SPOSCAR
SPOSCAR
1.0
11.1791996954999995 0.0000000000000000 0.0000000000000000
0.0542027085000000 11.1790682931000003 0.0000000000000000
0.0000000000000000 0.0000000000000000 7.6539001464999998
72 72
Direct
0.2559300066666667 0.0774033316666667 0.5000000000000000
0.5892633400000000 0.0774033316666667 0.5000000000000000
0.9225966733333334 0.0774033316666667 0.5000000000000000
因此,在扩胞时,要尽量使超胞的a,b,c 接近。
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