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不完全双列杂交NCⅡ设计的数据处理方法
在育种过程中,经常需要通过试验设计评价种质资源的遗传特性,培育和引进自交系的好坏,不完全双列杂交用于评价种质遗传结构和配合力十分有用。
不完全双列杂交是指把供试亲本按试验要求分为两组,只进行组间杂交,不进行组内杂交。
在培育品种的过程中,常需要用一些骨干系对新的自交系进行测配,这就构成了不完全双列杂交,对这些数据的处理,常常依赖临近对照和类群来源,如果通过NC II数据分析,则可以得到更多的结果,更有利于指导实践。
对于不完全双列杂交,市面上有DPS、Win NC II等软件,但是结果单一,数据结构僵硬,而且对于处理缺失值性能有限,现在介绍GenStat软件处理不完全双列杂交中的应用,它本身的REML技术,可以估计BLUP值,能得到更精确的结果。
处理数据得到:一般配合力,特殊配合力,方差组分,遗传力,标准误,BLUP等值。
参考文献题目:
参考文献数据:
ABC为一组亲本,DEFG为另一组亲本,两组组间进行杂交,构成不完全双列杂交,数据如下:
论文中的结果:
1、方差分析
2、把组合的方差给剖分:
注意:模型I为固定效应,模型II为随机效应
3、两组亲本的一般配合力和特殊配合力:
4、配合力的相对效应:
注意:这就是一般配合力和特殊配合力除以整体平均数81.81的百分数结果。比如特殊配合力效应1.91就是1.56/81.81*100的结果。
5、配合力方差组分:
配合力所占百分数:
6、广义遗传率和狭义遗传率:
用GenStat软件处理数据流程:
1、 整理数据:分为父本群、母本群、区组、观测值(还可以加上地点、年限等)
2、 选择模型(得到配合力和F测验结果)
3、 配合力和方差检验
方差分析表:
配合力表:
配合力效应中给出了标准误,可以算出配合力效应0.05和0.01水平的LSD,用于计算配合力的显著性。
注意:相对配合力大小那实际配合力数值除以整体平均数即可。这里和文章的数值一样,但是软件给出了标准误值和最小显著差异值LSD,用于进一步的多重比较。
4、 选择模型(方差组分和遗传力结果)
5、 方差组分和遗传力:
注意:
广义遗传力:0.2946+0.3586+0.1710=0.8242
狭义遗传力:0.2946+0.3586=0.6532
这里不但给力亲本的方差组分,而且给出了对应的标准误,这是比文章中提高的地方。
6、 如果想计算亲本的BLUP值,GenStat也是可以实现的,模型如下:
结果:
如果拿配合力和BLUP值比较,发现会有部分差异,但是趋势基本相同,理论上用BLUP值当成育种值更精确。
如果想试用GenStat软件,请发信:姓名+单位+GenStat到China@vsni.co.uk
如果想分析相关数据,请加GenStat群:203276907
如果本文有疑问或错误,请发给作者:Dave@vsni.co.uk
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GMT+8, 2024-9-27 08:05
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