1 rnammer 下载安装：http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/sw_request?rnammer 用教育网邮箱注册，发回到邮箱中；
2 安装 hmmsearch：ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer/2.3.2/hmmer-2.3.2.tar.gz 低版本；
3 更改rnnammer中两者的绝对路径：
perl -p -i -e 's/(my $INSTALL_PATH).*/$1 = \"\/opt\/biosoft\/rnammer-1.2\";/' /opt/biosoft/rnammer-1.2/rnammer;

perl -p -i -e 's/^(\s+\$HMMSEARCH_BINARY).*/$1 = "/opt/biosoft/hmmer-2.3.2/bin/hmmsearch";/' /opt/biosoft/rnammer-1.2/rnammer;
4 更改core-rnammer中的--cpu，避免报错
perl -p -i -e 's/--cpu 1//g' /opt/biosoft/rnammer-1.2/core-rnammer
5  新建目录，测试不报错，且生成不同类型的结果：
mkdir rnammertest && cd rnammertest;
/opt/biosoft/rnammer-1.2/rnammer -S bac -multi -f rRNA.fasta -h rRNA.hmmreport -xml rRNA.xml -gff rRNA.gff2 /opt/biosoft/rnammer-1.2/example/ecoli.fsa