死后遗体组织中的蛋白质、脂肪和碳水化合物，在腐败菌的作用下不断分解为简单的有机物和无机物，组织器官逐渐液化崩解，最后软组织消失而残留下遗骨，这就是遗体腐败的全过程。学术上公认的看法是，分解尸体的腐败菌主要来自肠道内细菌，但最新的研究发现，在土壤内存在一类专门负责分解动物尸体的细菌，而且这种细菌在不同地区没有差别，提示在不同地区的土壤中都存在一些专门等待分解尸体的细菌，这一发现让人觉得不可思议，但又似乎是意料之中。

   细菌的种类非常多，也造成细菌的功能有非常细的分类。从我们了解的致病菌的线索我们就可以发现，细菌在感染目标器官都存在选择性，有肺炎球菌，有脑膜炎球菌，有上呼吸道特异感染细菌。就是说，同样是人体组织，细菌都有选择性。毕竟个体细菌的基因组规模比较小，每种细菌只能依靠特殊的营养生存可以理解，这样也符合大量不同细菌相互协作的现实，例如在胃肠道内细菌的种类非常多，但也不是无限多。在土壤中细菌的数量可能远高于胃肠道，因为胃肠道本质上是土壤这种外在环境的内化，从生存条件上来说更为苛刻或特异。不过我们对细菌世界还有许多不了解，因此经常出现这样的意外发现并不意外。

最新研究发现，无论把尸体埋在任何地区，分解尸体的微生物，包括细菌、真菌和昆虫都是一样的，似乎是这些微生物和昆虫在土壤中等待尸体的到来。这一发现对法医判断死亡时间很重要。

俄勒冈大学微生物学家Brendan Bohannan认为，这一发现将会改写生态学的教科书。

与植物不同，动物尸体有非常丰富含氮和碳的营养物质，对微生物来说，动物尸体是营养大餐。荷兰乌得勒支大学微生物生态学家George Kowalchuk说，虽然我们对秃鹰、浣熊和绿头苍蝇处理尸体非常重要，但是我们对微生物分解尸体的过程才刚开始。

为发现细菌在分解尸体的作用，科罗拉多州大学进化生物学家Jessica Metcalf首先计划对分解尸体的微生物类型进行调查，她用126只小鼠尸体埋在三个不同土壤内，分别来自科罗拉多短草草原、海滩松亚高山森林和德克萨斯州沙漠。18月后，她从这些动物尸体的皮肤、胃肠道和周围土壤内上采集样本，在来自南德克萨斯州立大学应用法医学系教授Sam Houston帮助下，她从4个捐献的男人腐败尸体，其中两具在冬季室外，2具在春季室外。

分析微生物是巨大的挑战，因为许多细菌没办法在实验室内人工培养，为了分析微生物，包括真菌和蠕虫。Metcalf 和加州大学圣地亚哥分校Rob Knight实验宏基因组学技术，对来自尸体和土壤的样本 DNA进行序列分析。为分析这些序列，他们专门开发出一个复杂的计算软件。

他们的结果发现，负责分解尸体的细菌主要来自土壤，而不是来自胃肠道，这与过去大多数学者的看法不同。更奇怪的是，分解尸体的细菌类型不受季节、地区和其他分解者的影响，都是一样的。

北亚利桑那大学生物信息学家Greg Caporaso说，这一研究说明土壤内有微生物种子库，一些细菌数量非常少，但是一旦某种适合其生长的营养物质出现，这些细菌就可以复活并大量繁殖。曾经研究过尸体味道的比利时鲁汶大学法医毒理学家Eva Cuypers说，这一结果出乎意料。最奇怪的是来自不同地区的土壤中竟然存在同样的分解尸体的细菌。这可能对解释她过去发现的尸体独特味道有帮助。

论文2015年12月11日在《科学》发布。研究没有对尸体分解早期阶段进行分析，但可以发现分解尸体的细菌种类变化存在可预期规律。动物死亡后，肠道内微生物是造成尸体腐败的第一部，但是这些厌氧为主的细菌不擅长分解动物蛋白质（人类消化动物蛋白主要依靠自己的小肠，细菌主要负责消化植物营养），那么这一工作由来自土壤内的需氧微生物代替。这些微生物由于营养缺乏数量非常少，一旦出现尸体，会复活起来大量繁殖。随着尸体营养被消化，真菌和蠕虫逐渐代替细菌发挥后期清扫场地的作用。

这个研究结果对法医学是非常重要的，我们许多人觉得一些冷门学科不容易发表高水平研究论文，看最近法医领域研究尸体也能发表这种高质量的论文，说明是没有找到研究的窍门。关键是将尸体分解与当前最时髦的宏基因组学结合起来，并发现了意外的研究结果。