随着生命科学的发展，人们越来越关注基因或调控元件的物种间保守性，如何获取这些同源序列则成为生物信息学分析的常见内容。现将这方面的经验总结如下，希望对大家有所帮助！

 图文并茂版，请下载：

Homologous sequence analysis.pdf

——————————————————————————————————

 纯文字版：

>gi|341926217|ref|NR_040616.1| Musmusculus RIKEN cDNA A130077B15 gene (A130077B15Rik), long non-codingRNA

第一步：根据NR_040616找到该基因在小鼠（mm9）中的基因组位置：

RefSeq Gene A130077B15Rik

RefSeq: NR_040616.1   Status: Predicted

Description: Mus musculus RIKEN cDNA A130077B15 gene  (A130077B15Rik), long non-coding RNA.

Entrez Gene: 319272

PubMed on Gene: A130077B15Rik

mRNA/Genomic Alignments

BROWSER | SIZEIDENTITY CHROMOSOME  STRAND    START    END              QUERY     START  END  TOTAL

-----------------------------------------------------------------------------------------------------

browser |  2547  100.0%        10     - 122002079 122006947             NR_040616     1 2547  2547

View details of parts of alignment within browser window.

Position: chr10:122002079-122006947

Band: 10qD2

Genomic Size: 4869

Strand: -

Gene Symbol: A130077B15Rik

第二步：利用该位置（chr10:122002079-122006947）在人的基因组中寻找同源序列

网站：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver

点击Submit?

点击View conversions

会下载一个后缀为bed的文件，用文本打开，后有一个位置，即该基因在人类基因组中的同源序列的位置：chr12         63451868         63452768

第三步：根据位置查看其在人类基因组的情况：

网址：

http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway?hgsid=455296151_ME72VQ0aUTgj9KJwsRJWQSKaQ6fF&clade=mammal&org=Human&db=hg19

点击submit，结果发现该区域在人类中并无基因

把当前窗口放大十倍后，会在附近找到一个Ensemble基因：

EnsemblGenes (ENST00000553036 - Ensembl 75)

Ensembl Gene Link: ENSG00000257664

Ensembl Transcript: ENST00000553036

Ensembl Protein:

Gene Name: RSL24D1P5

Ensembl Type: processed_pseudogene

Position: chr12:63449055-63449545

Band: 12q14.2

Genomic Size: 491

Strand: -

Gene Symbol: ENSG00000257664

CDS Start: none  (non-coding)

CDS End: none  (non-coding)

Links  to sequence:

Non-protein coding gene or gene       fragment, no protein prediction available.

Predicted       mRNA from       genomic sequences

Genomic       Sequence from       assembly

提示是一个假基因。

第四步：获取人类同源的序列：

位置：chr12   63451868         63452768

网站：https://usegalaxy.org/

首先提交位置：

将以上位置粘贴到上面的框中，物种选择hg19

点击Start

在窗口右侧会出现刚刚输入的位置：

获取同源序列：点击左侧的工具条：

默认输入了最新导入的位置：

点击Execute，结果在右侧结果框展示：

点击保存按钮下载序列即可：

>hg19_chr12_63451868_63452768_+ 63452768

GACTTATGGTGAAAGCTGAGTGTAGGCAAATCCTGGCTTGGGGCATGATG

GTGAGAGCAGGGGTGATTGGGGACTGGAGAAGAAACTTTGAGcatgtatt

ctcaactagggcaatcttgcccccagtggggcgaaacttggttgatgaaa

ctaggaggcaaaaatacctcattctttatgcataggcacagatatacagt

atatctattgtattaaaatattatgagagtgatgattagtaaaaaatgtc

taaaaggctggtgggaggtggaggccgtaatgaagaaaggttaagaGGTA

GTGACTGAGAGGAAAAGTAGTTCTTCACAAGGCACTCAGCTGCCTAGAAA

TGACCCAATTTAAGAACCTCTGTTCTTAAAAAGGGAAATATTCATTTTTA

AAGGATATTTCCAATGATAGTCCTTTGGAGTGGAGGTTATAGAATAAGTT

TCTCTCATTTTCTTTTCTACATCTACCTTTCTAGGATTTCCAGCACAGAG

TACAGCACAGGATAAAGGTCTGAATCAGAAATGACAGCCTGCTTATATTT

GTGAAAAGTTAAATTAGGCTTTGAAATGATGACCAGCATCATTGTTGATG

AGACGACAATGTAGattcattggcatctattacatgttaggtactttgtc

tatggttaccaccttagttaacataaccaccctgcagaataggtatatta

tccccagctaagcagcaattatgtgccgaaccagaatgtgaacccaggtc

tgtgtgactctcaaggagatacactttccactggaccacaccattcctcA

TGAAGCAAACAGTTCAGATGAAGGGTCCCTGGAAAGCCCTCTTGTTCCTT

ACAGAAGGTTTTTGCTTCTCTGGAGTTTTGACCTTGGATGCTCCTTTAGG

至此就对小鼠基因组的一个lncRNA在人类基因组中的同源性进行了分析，可以利用这些信息研究其在人类同源序列上的调控等等。  

——————————————欢迎点赞————————————————
               哈尔滨医科大学  刘洪波  (hongbo919@gmail.com)
——————————————欢迎转载————————————————


推荐阅读：从一则招聘启事看生物信息研究者应掌握的十种能力