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Python 脚本推荐——将fasta格式转换为Phylip格式
至于fasta格式和phylip格式具体的格式要求,网络上很容易查找得到相关的资料,这里就不过多赘述。其实网上也有很多关于序列文件格式的转换器,但是根据我个人的使用经验,大多数的转换结果都是经典的Phylip格式(序列名称只允许10个字符),而目前支持Phylip格式运算的的软件如PHYML,RAxML早已经对序列名称的长度不做要求。这就使得在使用一些长名称序列时,由于转换器的原因,导致部分序列出现重名,进而出现报错。前几日偶然在网上发现一个好用的Python脚本,虽然简单,但非常实用,这里粘贴出来,以备后续使用:
代码具体内容:
import re在具体使用中,可以将input.fas更改为你自己fasta序列的名字,将output.phy更改为你希望输出的文件名。
使用方法:
$ python fasta2phylip.py
声明:本脚本下载自网络,但由于时间过久,已经忘记了具体的获取地址,因为这里不予引用。若作者认为违反了您的利益,您可以在博客下留言,我将立刻删除。
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