||
避免失败的最好方法,是找出失败的原因。
找出失败原因最好的方法是查看log文件,
直接定位error
--------------------------------
ligprep running: premin
OK structures in: ttt-out_subjob_1_prout.maegz
problematic structures in: ttt-out_subjob_1_prout_bad.maegz
premin -lic ligprep -m filter -f 14 -s ttt-out_subjob_1_prout.maegz -u ttt-out_subjob_1_prout_bad.maegz ttt-out_subjob_1_rcout.maegz > ttt-out_subjob_1_pr.log 2>&1
**** ERROR : premin produced no output structures ****
Last 30 lines of ttt-out_subjob_1_pr.log:
Premin
Premin. Copyright Schrodinger, LLC. All rights reserved.
——————————————————————————————————————
premin 这一步出了问题,输入文件有问题。查看prout_bad.maegz的结构文件。
premin前面执行epik,有log文件就有问题。这一步也有error所以能查看到epik.log文件
定位error,发现
-----------------------
mmlewis error: Problems remain with the following atoms:
mmlewis error: 32 44
-----------------------
32号和34号原子有问题。
查看结构发现
发现33位和45位的双键O上,质子化的过程中被加上了H原子。
导致结构错误,所以premin无法处理优化结构。
——————————————————————
质子化的过程是根据原子类型进行质子化的,查看原子类型发现33位和45位的O被分配为了OM类型,
将其修改为02类型,具体操作
edit-》build-》Atom Properties-> Atom type 然后选择你想要修改的原子类型,
然后再点你要修改的原子就可以了。
如何确定基团上个原子的类型,点击edit-》build-》fragments 然后在organic选中你想要的基团,
然后再workspace中点一下,就可以画出这个基团,然后查看这个基团的原子类型。
Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )
GMT+8, 2024-9-27 06:58
Powered by ScienceNet.cn
Copyright © 2007- 中国科学报社