最近想用R做点大活儿，可能得用超级计算机。
把我能接触的超级计算机研究了一下，试着用PBS提交了几次计算任务。中间产生了一些小问题，都一一解决了。现把心得共享。下面是依葫芦画瓢写的一个用于提交计算任务的脚本。PBS是Altair公司出品的一个任务管理系统，好像超级计算机上用得很普遍。比如下面这个脚本的名字叫“Rjob"，使用”qsub Rjob"就可以提交计算任务了。
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#!/bin/bash
#PBS -P xc0
#PBS -l wd
#PBS -q normal
#PBS -l walltime=00:22:00,mem=1GB,jobfs=600mb,ncpus=6
# setenv OMP_NUM_THREADS $PBS_NCPUS

export OMP_NUM_THREADS=$PBS_NCPUS

module load R/3.1.1
R --vanilla < /home/652/nxh652/code/ploting_clst_rslt_NCI.R

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对上面的脚本，按照我的理解进行解释，如下：
第1行：声明shell的类型、及其在系统中的位置
第2行：项目号（告诉系统该计算任务属于哪个已注册的项目/课题）
第3行：wd 是指定任务提交的目录（当前文件夹）就是工作目录（working directory 缩写？）
第4行：-q 设定任务优先级，当前设定的优先级是normal
第5行：walltime 是墙上时间（不知是否任务没结束，时间一到就要把任务kill？）；mem 是设定内存使用量；jobfs 预留空间（PBS_jobfs这个空间中的文件都是临时文件，任务结束即清空）；ncpus 设定使用节点数（当然越高越快，但是不能超过机器提供的节点数/配额允许使用的节点数）。mem，jobsf，ncpus是有配额的，因项目/课题而不同么？（我不知道）
第6行：环境设定，这里设定的是OpenMP并行线程数（这个我解释不好，也许不对；欢迎明白人指教）；$PBS_NCPUS 就是最大节点数。整句话意思是，要使用系统允许的最大并行线程数。这一行被我注释掉了，因为这一行的语法是针对csh而不是zhen对bash的。针对bash要用下面的命令行。

第7行：环境设定，针对bash
第8行：加载R；注意系统提供的R版本可能有好几个（module avail 查），自己指定要使用的版本，把版本号写在“/”后面。现在R最新版本已经是3.1.2了，可是超级计算机上安装的最新版本是3.1.1
第9行：以批处理方式运行R脚本。--vanilla参数告诉R不要加载启动文件信息，也不要向启动文件中保存任何信息。”<"就是管道符号，把后面的R脚本输送到这个环境来运行。我这R脚本的输出是画一个图，会自己形成一个文件的，所以不用再在此行设置输出了。

R脚本与我们平常普通计算机上写的一模一样，绝无二致。唯一需要注意的是，脚本里面的路径最好使用绝对路径，否则容易出错。虽然在PBS -l wd 这一句命令中，我已经设定working directory，但是似乎不管用（归根结底的原因还是我对整个系统理解不深所致），所以保险起见用绝对路径肯定没问题。

另一个潜在的容易出问题的地方。是我们的Rjob文件可能是在windows下面编辑、然后上传到超级计算机上面的，Rjob文件里面有一些肉眼看不见的格式符会导致脚本运行出错。可以用dos2unix命令把这些格式符”修理“掉。另外，我觉得用vim就不会产生这样的格式符，在windows下面也可以用的。