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计算模拟中,Glide 是为数不多考虑互变异构的软件。
互变异构,一般看来就是双键的转移,H 原子的的转移。更本质上是原子电荷的变化,原子类型的变化(sp2,sp3)。
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选择一个具有互变异构特性的分子,利用schrodinger中的ligprep(为了方便比较不考虑质子化和手性)
产生互变异构保存为pdb,保存为mol2;
tautomer probability的概率之和肯定是1的整数倍数,
对于一个构型的分子是为1.
如果你的tautomer probability之和为2,说明不止一个构型。
一个分子有一个手性中心,其中R构型之和为1,S构型之和也为1.
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autodock vina 测试,不同互变异构体 打分差异
产生了4个结构(3个互变异构)。
ligprep 可能会保留多个构象(软件问题???)
结论:
互变异构影响打分非常小;
初始构象影响打分非常小;
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结论不严谨,需要更多的测试。
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GMT+8, 2024-9-27 10:26
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