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lncRNA的分析策略

已有 13228 次阅读 2014-12-3 23:09 |个人分类:【转录组-lncRNA分析】|系统分类:科研笔记

lncRNA这两年可谓研究的热火朝天,各种基金申请,各种lncRNA最新研究铺天盖地袭来,这里我们就来说说lncRNA究竟都做了哪些研究?
1、差异表达筛选
通过lncRNA芯片或RNA-seq测序等方法对多对疾病模型和对照样本组织进行lncRNA表达谱分析。
2、生物信息分析
通过生物信息学的方法筛选出具有表达差异的lncRNA,构建共表达网络,预测lncRNA的靶基因。
3、细胞分子水平研究
(1)功能获得性研究:构建lncRNA过表达载体
(2)功能缺失性研究:可通过siRNAshRNA、反义核酸等方法沉默lncRNA,干预lncRNA后检测其对疾病相关基因表达的影响和对细胞表型如增值、凋亡、侵袭、转移等的影响
(3)可通过RNA pull downRNA-RIPChIRP-seq等方法检测与lncRNA结合的DNARNA、蛋白质。
4、动物实验
(1)构建移植瘤或原位瘤模型,转移模型
(2)导入siRNA或者lncRNA表达质粒
(3)检测肿瘤生长曲线
(4)通过免疫组化、RT-PCRWestern Blot等方法检测相关指标变化。
小知识
RNA-RIP
技术(RNA Binding Protein Immunoprecipitation)是一种高通量检测细胞内RNA与蛋白结合情况的技术,运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行分析。RIP技术下游结合microarray技术被称为RIP-Chip,帮助我们更高通量地了解癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化。
CHIRP-Seq( Chromatin Isolation by RNA Purification )是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白的高通量测序方法。方法是通过设计生物素或链霉亲和素探针,把目标RNA拉下来以后,与其共同作用的DNA染色体片段就会附在到磁珠上,最后把染色体片段做高通量测序,这样会得到该RNA能够结合到在基因组的哪些区域;如果结合物是蛋白质,可以通过将蛋白质打断成短肽再通过质谱进行鉴定,从而或者与RNA结合的蛋白质。RNA Pull down技术与此类似。
生物芯片
Arraystar LncRNA Microarray
芯片覆盖当前各个lncRNA数据库,用于检测已知lncRNA在不同样本之间的表达差异,或检测疾病样本中表达异常的lncRNA
高通量测序平台
高通量测序不仅能够检测已知lncRNA
表达量,还能发现全新的lncRNA。 锐博生物的新一代高通量测序平台具有灵活、快速、高通量的特点。 专业的测序技术和生物信息团队,可为您完成样品提取、上机测序到最终数据分析。




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