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在pymol中打开晶体复合物,
然后选中小分子,file---》save molecule--》sele--》ligand.pdb
用文本打开发现里面是有connect的信息的,
仔细一看,会发现这些connect是错误的,出现好多4键的情况。
但是在pymol中可以正常显示这些分子中的苯环,set valence,1
pymol可能会自动添加键的信息。
在maestro中不能正确显示分子中的苯环,maestro应该是删除了所有的链接信息,但是没有自动添加链接信息
,你需要手动在tools--》assin bond orders,就会好了
然后再保存下分子就好了。
所以这一步一定不能少。tools--》assin bond orders,就会好了
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