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pymol提取pdb小分子的注意事项

已有 13686 次阅读 2014-11-23 18:28 |个人分类:DrugDesign|系统分类:科研笔记

在pymol中打开晶体复合物,

然后选中小分子,file---》save molecule--》sele--》ligand.pdb

用文本打开发现里面是有connect的信息的,

仔细一看,会发现这些connect是错误的,出现好多4键的情况。

但是在pymol中可以正常显示这些分子中的苯环,set  valence,1

pymol可能会自动添加键的信息。

在maestro中不能正确显示分子中的苯环,maestro应该是删除了所有的链接信息,但是没有自动添加链接信息

,你需要手动在tools--》assin bond orders,就会好了

然后再保存下分子就好了。

所以这一步一定不能少。tools--》assin bond orders,就会好了



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