笔者是做生物网络的，日常工作中少不了做些网络图，这里向大家介绍几款相关软件。

1. pajek，比较小巧易用，功能和layout也算比较多。应该读作bayak，原意是蜘蛛的意思，一张典型的图如下所示

这是一张讲生物网络鲁棒性的图，比较经典，已经是一本system biology书的封面

2. cytoscape 全面强大，生物网络作图神器。layout丰富，可调选项众多，我用的还是2.8.2 是比较老的一个版本，界面如下

3. cell designer 这个恐怕出了生物圈用的不多，主要画调控关系的。优点是生物元素比较清晰，不同蛋白都有不同形状，调控关系明确，缺点是比较像电路图，画多了容易乱。另有一个好处就是可以把调控网络直接转换为SBML文件！然后就可以去模拟了！

4. Graphviz 其实我对这个软件没太大爱好，需要装个java库，貌似做复杂网络的有人还是用的。

5 Word/Powerpoint，其实比大家想象的好用，我的第一篇文章的Fig1的网络就是拿word拖出来的，效果还不错。。。