举例：根据File：1文件中的名字提取File：2中同名的基因序列。

File：1 ####是一个基因名字的文件####

Ugene0073824

Ugene0113607

Ugene0047940

Ugene0082186

Ugene0112679

File：2 #### 是一个fasta 文件####

>Ugene0113607

AACGGTTAAAAAACAACTAAAAAGTTTTTCATTAGGTGTTTTTAAATTTCAAAAAAGGTC

ATCATTTTTAAGTTACCATTTTCTTTTTCTTTTAGAACTCAAAAGGCTGGTAGCTGAGAT

CGTCTTTCTCCGGTTTCCACATTGTTTTTGTTTTTCGCAGTTAATACAAGATGGCTGATG

GTGAGGATATTCAACCACTTGTCTGCGACAATGGAACTGGAATGGTCAAG

... ...

>Ugene0047939

GACATAAGATCCTTTTTTGCAATTACATTTAGTTTTTAAACTTCATAACTTGGAGTTATA

GCTTTATTTTATTTTCCCTTCTTCTTCTGGGTAAAATTGGTGTCATAGTTCTTTGGTTAA

TTTCATTAAGACTGCATCTGGTTTTTAACTTAAACTTCAAGTAACAGCAACCCTGTTGTC

AGGCACAAAATGACAAGGGATTTGA

>Ugene0047940

AACGGTTAAAAAACAACTAAAAAGTTTTTCATTAGGTGTTTTTAAATTTCAAAAAAGGTC

ATCATTTTTAAGTTACCATTTTCTTTTTCTTTTAGAACTCAAAAGGCTGGTAGCTGAGAT

CGTCTTTCTCCGGTTTCCACATTGTTTTTGTTTTTCGCAGTTAATACAAGATGGCTGATG

GTGAGGATATTCAACCACTTGTCTGCGACAATGGAACTGGAATGGTCAAG

>Ugene0000002

GACATAAGATCCTTTTTTGCAATTACATTTAGTTTTTAAACTTCATAACTTGGAGTTATA

GCTTTATTTTATTTTCCCTTCTTCTTCTGGGTAAAATTGGTGTCATAGTTCTTTGGTTAA

TTTCATTAAGACTGCATCTGGTTTTTAACTTAAACTTCAAGTAACAGCAACCCTGTTGTC

AGGCACAAAATGACAAGGGATTTGA

Perl program：####sequence.pl####

#!/usr/bin/perl -w

open $in1,"<File1" or die;

open $in2,"<File2" or die;

while($input1=<$in1>){

if($input1=~m/>(\w+)/) {$a=$1;}

$b{$a}.=$input1;

}

while($input2=<$in2>){

if ($input2=~m/(\w+)/){$d.=$b{$1};}

}

print "$d";

上面可能显示不正常了，下面图片显示正常：

将该程序文件输入命令行中，如 $:sequence.pl > 路径out.txt 就可以得到结果。虽然写的很烂，但很实用。