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背景:σ-hole存在于卤素原子X的头部,R-X,x本身带负电,但是其头部由于电子的缺少,会有一个正电荷区域。
描述σ-hole包括Vmax,d以及ω,φ。
首先
setp1
通过gauss优化分子结构,计算频率。(要不要再关键词中指定电荷???)
得到chk文件。formchk xxx.chk,得到fchk文件
step2
利用multiwfn软件,分析分子静电势表面
把软件和fchk文件放在同一个文件夹下面,这样更方便,不需要输入路径
双击打开Multiwfn。
根据提示,然后输入chk文件的名字,
根据提示,选择12Quantitative analysis of molecular surface
根据提示,选择0 start analysis now! 或者自定义参数后再分析
电子密度参数默认是0.001;grid的大小默认是0.25等
如果不需要计算ω,可以在pymol中计算其他3个参数,
选择0 view molecular structure,surface minima and maxima计算Vmax
我们发现Vmax=-26.438513
然后点击图形界面上的return 回到命令行界面
然后选择2export surface extrema as pdb file
得到了surfanalysis.pdb文件。里面是静电势极大点和极小点,分别用C原子和O原子表示。
然后选择5 export molecule as pfb file 把分子保存为pdb格式
起个名字。
然后在pymol中打开这两个文件,就可以测量角度和距离了d以及φ。
如果你要计算ω 可能需要用到VMD软件,支持电荷的读取,对于我选择的这个体系,由于卤素头部不存在正电荷区域,所以不在这个博文中演示ω的计算。
我在下面的博文中会找一个一个卤素头部带正电荷的分子,进行演示。
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