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怎么分析计算分子静电势表面---σ-hole

已有 14081 次阅读 2014-9-1 11:04 |个人分类:DrugDesign|系统分类:科研笔记| 电子, 静电势, 正电荷

背景:σ-hole存在于卤素原子X的头部,R-X,x本身带负电,但是其头部由于电子的缺少,会有一个正电荷区域。

描述σ-hole包括Vmax,d以及ω,φ。

首先

setp1

通过gauss优化分子结构,计算频率。(要不要再关键词中指定电荷???)

得到chk文件。formchk  xxx.chk,得到fchk文件

step2

利用multiwfn软件,分析分子静电势表面

把软件和fchk文件放在同一个文件夹下面,这样更方便,不需要输入路径


双击打开Multiwfn。

根据提示,然后输入chk文件的名字,

根据提示,选择12Quantitative analysis of molecular surface

根据提示,选择0 start analysis now! 或者自定义参数后再分析

电子密度参数默认是0.001;grid的大小默认是0.25等

如果不需要计算ω,可以在pymol中计算其他3个参数,

选择0 view molecular structure,surface minima and maxima计算Vmax

我们发现Vmax=-26.438513

然后点击图形界面上的return 回到命令行界面

然后选择2export surface extrema as pdb file

得到了surfanalysis.pdb文件。里面是静电势极大点和极小点,分别用C原子和O原子表示。

然后选择5 export molecule as pfb file 把分子保存为pdb格式

起个名字。

然后在pymol中打开这两个文件,就可以测量角度和距离了d以及φ。

如果你要计算ω 可能需要用到VMD软件,支持电荷的读取,对于我选择的这个体系,由于卤素头部不存在正电荷区域,所以不在这个博文中演示ω的计算。

我在下面的博文中会找一个一个卤素头部带正电荷的分子,进行演示。











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