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Idea比技术重要——是谁依然在用等位酶
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一天看文献的时候偶然发现Gyeongsang National University的Myong Gi Chung教授依然在用等位酶技术研究植物群体遗传学，而且常有高质量的文章发表（包括New Phytologist, American Journal of Botany等），觉得新奇，就把相关文章转发给实验室的老师和同学。因为等位酶技术貌似已经是上个时代的技术了，看起来跟古董一样。所以我在邮件里加了个“高大上”来表示我对此古董技术的错愕。后来我师母仔细看了那些文章，给了一个高质量的回复，才知道等位酶技术原来真的是高大上！以下是师母的邮件：
各位同学，
我大概看了一眼, 有几点说明：
allozyme如某人所说，实为高大上（不带调侃性的），是研究经典群体遗传很理想的共显性遗传标记。它目前败在PCR手下，不是因为它贫穷落后了，而是太贵族了，普通人很难享用：
首先，要活材料。
其次，实验室要建立起一套酶系统，这些酶不仅必须是放之四海而皆准的基本代谢途径中的，如该韩国人几篇文章（几种植物）中都用的adh, Pgi, Dia…等， 而且必须是单体酶或最多是二体酶，否则条带过多没法分辨（没有让计算机帮忙自动读带的必要性和可能性）。
第三，所研究的植物不宜是多倍体，否则条带很难分清。
满足了这些条件，等位酶（1）比微卫星好，因为只要一个实验室已有前人的或经一段时间摸索建立起的几个酶的系统，具备和掌握较好的电泳跑胶技术（这个电泳要在cooling的条件下跑），这些系统就能为该实验室研究的各种植物服务，而微卫星需要species-specific；（2）比AFLP好，因为 AFLP是显性标记，而且是anonymous; (3)比几个位点的测序或SNP好，因为后者太烧钱，而且，大量的SNP很难得到。
可见，它比PCR难伺候多了！
最后，这个贵族的关键缺陷在于无法实现coalescent theory (model) 所关心的一系列动态历史参数（这只有序列信息能实现），它只能算算群体遗传变异和结构。
祝各位，斗酷暑，其乐融融。
https://blog.sciencenet.cn/blog-257199-817209.html
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