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熊荣川
六盘水师范学院生物信息学实验室
http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz
library(ape)
library(stringr)
seq = read.dna("CO1.fas", "fasta") #读入待比对的DNA序列
seq_align <- muscle(seq) #调用muscle进行比对,结果保存为seq_align
coi_tr <- nj(dist.dna(seq_align)) #使用距离法建树,nj树
plot(coi_tr) #查看所见系统发育树
特别注意:muscle.exe须在你的工作目录中,或事先设置好系统路劲。
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