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一些豆科植物染色体的倍数及基因组信息

已有 24265 次阅读 2014-2-11 16:44 |个人分类:豆科植物基因组学|系统分类:科研笔记

关于一些豆科植物染色体的倍数及基因组的信息

摘录自：《中国主要经济植物基因组染色体图谱》的第五册，收录了作者对我国123科403属563种药用植物染色体研究的资料。包括染色体数目、倍性、核型分析的基本数据。这些染色体基础科学数据不仅对药用植物的杂交育种、细胞分类、种性鉴定、起源进化研究具有重要的理论意义和应用价值，而且也是药用植物基因组学研究的重要基础和依据。

其中收录的豆科植物染色体倍数最小的为2n=2x=12，如下：

野豌豆属Vicia L.

224-1　山野豌豆V. amoena Fisch. ex DC. , 2n=2x= 12

201-1 紫荆Cercis chinensis Bunge , 2n=2x= 14

196-3　膜荚黄芪Astragalus membranaceus (Fisch.) Bge. , 2n=2x= 16
196-4　蒙古黄芪Astragalus membranaceus (Fisch.) Bge. var. mongholicus (Bge.) Hsiao , 2n=2x= 16

207-1 山羊豆Galega officinalis L. , 2n=2x= 16

209-1 甘草Glycyrrhiza uralenisis Fisch , 2n=2x= 16

槐属Sophora L.
218-1　苦豆子S. alopecuroide L., 2n=36
218-2　白刺花S. davidii (Franch.) Skeels , 2n=2x= 18
218-3　苦参S. flavescens Ait. ，2n=18

苜蓿属Medicago L.

212-1　紫花苜蓿Medicago sativa L. ，2n=32

另外没有收录的：

参考：https://www.crops.org/publications/tpg/articles/6/3/plantgenome2013.12.0002in?show-t-f=tables&wrapper=no

日本百脉根Lotus japonicus, 2n = 2x = 12，基因组大小：470Mbp

截型苜蓿Medicago truncatula, 2n=2x=16, 基因组大小：520Mb

合萌(Aeschynomene evenia), 2n=20, 基因组大小为460Mb^*

鹰嘴豆Chickpea，Cicer arietinum L.，2n = 2x = 16，基因组大小：740Mbp

大豆Glycine max, 2n = 2x = 20，基因组大小: 1115Mbp

花生Arachis hypogaea， 2n=4x=40, 基因组大小：2890Mbp (http://www.peanutbioscience.com/)

豇豆Cowpea (Vigna unguiculata)，2n = 2x = 22，基因组大小：620Mbp

兵豆Lentil (Lens culinaris), 2n=2x=14, 基因组大小：4063Mbp

木豆Pigeonpea (Cajanus cajan L.), 2n = 2x = 22，基因组大小：833Mbp

* 参考这篇论文：Arrighi, et al. Aeschynomene evenia, a Model Plant for Studying the Molecular Genetics of the Nod-Independent Rhizobium-Legume Symbiosis, 2012, MPMI. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22475377.

另外，菜豆(Phaseolus vulgaris or common bean)的基因组大小为650Mb, 2倍体，11条染色体（为什么是11条，难道是单倍体为11，2倍体为22吗？即2n=22）。菜豆的基因组比大豆小多了。

关于菜豆的基因组研究：

http://www.phytozome.net/commonbean.php

http://www.beangenomics.ca/research/projects/view/draft-genome-sequence-for-common-bean-i-p-vulgaris-i

关于菜豆基因组研究的报道：

http://www.most.gov.cn/gnwkjdt/201203/t20120321_93264.htm

2012年2月21日，墨西哥高等研究中心（CINVESTAV）发布消息称，墨生物多样性基因组学国家实验室的科学家们通过与国际科研团队的共同努力，已完成对菜豆的基因组测序。（菜豆有着不同的名称，四季豆，扁豆或是青豆。在墨西哥，中南美洲和非洲，是一种重要的农作物）。

项目负责人Alredo Herrera Estrella表示，经过2年的研究，科学家确定了26500种菜豆基因，研究成果明确了哪些基因决定着菜豆的抵御病害能力，抗旱性，盐耐受度，大气中的氮沉淀，生殖细胞构成以及种子质量等问题。

通过确定种子中各段DNA属性，可以加快种子的改良进程，创造出新的豆类品种，更好地抵御当前种植中遇到的干旱等问题。有关菜豆基因信息及更多数据可查阅http://mazorka.langebio.cinvestav.mx/phaseolus/ 。

墨高等研究中心研究人员表示，已经公布的数据有利于生产出品种更好的菜豆以及其他豆类，通过分子标注的方法可以加快选种进程。这项成果最重要的成果是将来能够找到关于豆类驯化以及在中美和安第斯地区间驯化的差异。

菜豆基因研究是墨西哥参与的国际科研项目之一，由伊比利亚美洲科技发展委员会于2009年通过并提供资助，该委员会共有21个成员国。该项目预算为248.2万美元，阿根廷，巴西，西班牙等国科学家也参与其中。该项目第二阶段目标是至少完成实际中豆类及相关类种驯化的基因测序。

为什么百脉根适合作遗传材料，开展遗传学研究：

From: http://www.inia.org.uy/sitios/lnl/vol26/stougaard.pdf

以下内容另外转载自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_ca4f97b40101pmvo.html

截止2013年10月已发表植物基因组文章
中文名	拉丁名	发表时间	刊物	科、属	基因组大小
拟南芥	Arabidopsis thaliana	2000.12	Nature	十字花科(Brassicaceae)鼠耳芥属(Arabidopsis)	125M
水稻	Oryza sativa L. ssp.indica	2002.04	Science	禾本科Poaceae稻属Oryza	466M
水稻	Oryza sativa L. ssp.japonica	2002.04	Science	禾本科Poaceae稻属Oryza	466M
杨树	Populus trichocarpa	2006.09	Science	杨柳科、杨属	480M
葡萄	Vitis vinifera	2007.09	Nature	葡萄科、葡萄属	490M
衣藻	Chlamydomonas reinhardtii	2007.01	Science	衣藻科、衣藻属	130 M
小立碗藓	Physcomitrella pattens	2008.01	Science	葫芦藓科、小立碗藓属	480M
番木瓜	Carica papaya	2008.04	Nature	番木瓜科、番木瓜属	370M
百脉根	Lotus japonicus	2008.05	DNA Res.	豆科	472 Mb
三角褐指藻	Phaeodactylum tricornutum	2008.11	Nature	褐指藻属	27.4M
高粱	Sorghum bicolor	2009.01	Nature	禾本科、高粱属	730M
玉米	Zea mays ssp. mays L.	2009.11	Science	禾本科、玉米属	2300M
黄瓜	Cucumis sativus L.	2009.11	Nature Genetics	葫芦科、黄瓜属	350M
大豆	Glycine max	2010.01	Nature	豆科、大豆属	1100M
二穗短柄草	Brachypodium distachyon	2010.02	Nature	禾本科、短柄草属	260M
褐藻	Ectocarpus	2010.06	Nature	水云属	196M
团藻	Volvox carteri	2010.07	Science	团藻属	138M
蓖麻	Ricinus communis	2010.08	Nature Biotechnology	大戟科、蓖麻属	350M
小球藻	Chlorella variabilis NC64A	2010.09	Plant Cell	小球藻科	46M
苹果	Malus × domestica Borkh.	2010.09	Nature Genetics	蔷薇科、苹果属	742M
森林草莓	Fragaria vesca	2010.12	Nature Genetics	蔷薇科、草莓属	240M
可可树	Theobroma cacao	2010.12	Nature Genetics	梧桐科、可可属	430-Mb
野生大豆	G. soja	2010.12	PNAS	豆科、大豆属	915.4 Mb
褐潮藻类	Aureococcus anophagefferens	2011.02	PNAS		57M
麻风树	Jatropha curcas L.	2010.12	DNA Res.	大戟科、麻风树属	410M
卷柏	Selaginella moellendorffii	2011.05	Science	卷柏属	212M
枣椰树	Phoenix dactylifera	2011.05	Nature biotechnology	棕榈科	685M
琴叶拟南芥	Arabidopsis lyrata	2011.05	Nature Genetics	十字花科、鼠耳芥属	206.7 Mb
马铃薯	Solanum tuberosum	2011.07	Nature	茄目、茄科、茄属	844M
条叶蓝芥	Thellugiella parvula	2011.08	Nature Genetics	盐芥属	140M
白菜	Brassica rapa	2011.08	Nature Genetics	十字花科、芸薹属	485M
印度大麻	Cannabis sativa	2011.10	Genome biology	大麻属	534M
木豆	Cajanus cajan	2011.11	Nature biotechnology	豆科、木豆属	833M
蒺藜苜蓿	Medicago truncatula	2011.11	Nature	豆科苜蓿属	500M
蓝载藻（灰胞藻门）	Cyanophora paradoxa	2012.02	Science	灰胞藻门	70M
谷子	Setaria italica	2012.05	Nature biotechnology	禾本科、狗尾草属	490M
谷子	Setaria italica	2012.05	Nature biotechnology	禾本科、狗尾草属	预估510M，组装出400M
番茄	Solanum lycopersicum	2012.05	Nature	茄科、茄属	900Mb
甜瓜	Cucumis melo L.	2012.07	PNAS	葫芦科、甜瓜属	450Mb
亚麻	Linum usitatissimum	2012.07	Plant Journal	亚麻科、亚麻属	373Mb
盐芥	Thellungiella salsuginea	2012.07	PNAS	十字花科、盐芥属	260Mb
香蕉	Musa acuminata	2012.07	Nature	芭蕉科、芭蕉属	523Mb
雷蒙德氏棉	Gossypium raimondii	2012.08	Nature Genetics	锦葵科、棉属	775.2Mb
大麦	Hordeum vulgare L.	2012.10	Nature	禾本科、大麦属	5.1Gb
梨	Pyrus bretschneideri	2012.11	Genome Research	蔷薇科、梨属	527Mb
西瓜	Citrullus lanatus	2012.11	Nature Genetics	葫芦科、西瓜属	425 Mb
甜橙	Citrus sinensis	2012.11	Nature Genetics	芸香科、柑橘属	367 Mb
小麦	Triticum aestivum	2012.11	Nature	禾本科、小麦属	17Gb
两种小型藻	Bigelowiella natans，Guillardia theta	2012.11	Nature		95Mb 87Mb
棉花	Gossypium raimondii	2012.12	Nature	锦葵科、棉属	761.4Mb
梅花	Prunus mume	2012.12	Nature Communications	蔷薇科、梨属	280M
鹰嘴豆	Cicer arietinum	2013.01	Nature biotechnology	豆科、鹰嘴豆属	738Mb
橡胶树	Hevea brasiliensis	2013.02	BMC Genomics	大戟科、橡胶树属	2.15Gb
毛竹	Phyllostachys heterocycla	2013.02	Nature Genetics	竹科、钢竹属	2.075 Gb
短花药野生稻	Oryza brachyantha	2013.03	Nature Communications	禾本科稻属	342Mb-362Mb
小麦A	Triticum urartu	2013.03	Nature	禾本科、小麦属	4.94 Gb
小麦D	grassAegilops tauschii	2013.03	Nature	禾本科、小麦属	4.36Gb
桃树	Prunus persica	2013.03	Nature Genetics	蔷薇科、梨属	265 Mb
丝叶狸藻	Utricularia gibba	2013.05	Nature	狸藻科、狸藻属	82Mb
中国莲	Nelumbo nuciferaGaertn	2013.05	Genome biology	睡莲科、莲属	929 Mb
挪威云杉	Picea abies	2013.05	Nature	松科、云杉属	19.6G
海洋球石藻	Emiliania huxleyi	2013.06	Nature	定鞭藻纲	141.7Mb
虫黄藻	Symbiodinium minutum	2013.07	Current Biology	甲藻门	1.5G
油棕榈	Elaeis guineensis	2013.07	Nature	棕榈科、油棕榈属	1.8G
枣椰树	Phoenix dactylifera L.	2013.08	Nature Communications	棕榈科、刺葵属	671 Mb
醉蝶花	Tarenaya hassleriana	2013.08	Plant Cell	醉蝶花科、醉蝶花属	290 Mb
莲	Nelumbo nucifera	2013.08	Plant Journal	睡莲科、莲属	879 Mb
桑树	Morus notabilis	2013.09	Nature Communications	桑科、桑属	357 Mb