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有个本地版的blat和isPcr总是会方便很多的。
我在ubuntu 13.04安装isPcr时报错,解决了,按例记一下,备查。
下载地址:
http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/
或
http://genome-test.cse.ucsc.edu/~kent/exe/
安装过程:
其实 echo $MACHTYPE返回的默认值是x86_64-pc-linux-gnu
所以需要export MACHTYPE=x86_64
mkdir -p ~/bin/$MACHTYPE
mkdir -p lib/$MACHTYPE
直接make会报错:
chainBlock.c: In function ‘findBestPredecessors’:
chainBlock.c:290:16: error: variable ‘bestLeaf’ set but not used
[-Werror=unused-but-set-variable]
于是,
vi inc/common.mk
去掉 两个-Werror,就可以顺利make了。
编译好的可执行程序在 ~/bin/${MACHTYPE}
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