1pdbqt格式中包含的仅仅是坐标信息，电荷信息，以及autodock的原子类型的信息

没有连通信息，

也就是说没有键的信息

原子类型暗含了键的信息

如果两个原子的距离大于共价键的距离，在adt，或者pymol就会出现断开的现象

只有保证原子类型正确就可以对接

2autodock的受体原子类型，

The pdbqt format is 'pdb' plus 'q' for partial charge and 't' for AD4 atom type. Special AD4 atom types are OA, NA, SA for hbond accepting O,N and S atoms, HD for hbond donor H atoms, N for non-hydrogen bonding nitrogens and A for carbons in planar cycles. For any other atom, its AD4 atom type is the same as its element.  

大家可以用1T40这个蛋白准备下，在adt中观察它的pdbqt格式，就会发现辅酶分成了2部分，

不要紧张，是可以对接的。