熊荣川

xiong rongchuan

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

一般的遗传距离矩阵如下图

对这样的矩阵稍作修改，删除标题行列，保存为“Fst.csv”

library(ape)  #需要用到ape程序包
M2 = read.csv("Fst.csv",head = F)  #输入表格
dimnames(M2) <- list(1:8, 1:8)  #为表格设置行列名称

M2<-as.matrix(M2)   #将表格转化成矩阵格式
tr2 <- bionj(M2)  #构建NJ树
pl树ot(tr2, "u")   #输出系统发育