下图所示为单分子荧光共振能量转移的实验数据，红色曲线为红色荧光分子Cy5发射的荧光信号，绿色曲线为绿色荧光分子Cy3发射的荧光信号。蓝色为荧光共振能量转移的效率，其大小由红色和绿色荧光的信号强度决定(Ired/(Ired+Igreen))。荧光转移效率高意味着分子间距离较近，效率低意味着分子间距离较远。荧光共振能量转移随时间的变化预示着分子间距离随时间的变化，因为分子在行使功能的时候都会伴随相应的动态变化，我们通过荧光共振能量转移得到的距离随时间的变化就可以用来解释分子功能。根据单分子荧光共振能量转移的结果，我们可以推测分子作用的机理。每一个药物分子在体内都有靶点，靶点通常就是某一个或一类蛋白质，药物结合到靶点或者激活蛋白的功能或者抑制蛋白的功能。我们只有对我们的靶点有非常好的了解，药物设计才有的放矢。