|||
【絮语】和生物学软件打交道,难免会遇到各式各样的问题,如何针对不同软件的特点,择优选用以事半功倍解决问题?鉴于此,特整理此帖,希望对新手有用,持续更新,敬请关注。
Q1.怎么查找序列保守区?
A1:很多人查找序列保守区,一般通过序列多重比对后,肉眼判断序列保守区,但此法难免太主观,不具重复性,且选择的保守区无法受统计上的显著性检验。其实,实现这一目的,可以使用DnaSP--> “Analysis” -->“Conserved DNA region”...
【Raindy 注】设计简并引物,用此法,简单易用 ,强烈推荐...
Q2. 多个 FASTA格式保存的单条序列如何批量快速合并为一个文件?
A2 : 一条条添加,费时费劲,且容易出错。解决的办法有两个:一是可以通过DNAMAN的“多重序列比对”后导出功能,即:添加序列所在的目录,或全选相关文件,进行多重比对,导出Clustal aln 文件,然后再转换为FASTA;二是使用我们2012年新开发的序列火枪手套件的“Seq Merger.exe” 即可快速实现合并。
Q3. 如何解决 Clustalx 多重比对(*.Aln格式)后转为MEGA 格式时提示出错的问题?
A3:检查所转换 MEGA 的 *.meg 文件最后几行内容是否有*号,全部删减之即可。因为 Clustalx 多重比对后,程序会自动添加一致序列。
Q4. 为什么DNAMAN软件的很多功能菜单都显示无法使用?
A4:DNAMAN软件的精华在于通道(Channel)的应用,遇到功能菜单呈灰度无法使用时,不妨将序列载入通道后再试试...
Q5. 如何让多重比对美观显示又不占篇幅?
A5:推荐使用Web Logo (http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi)或 Sequence Logo之类的在线工具处理。其实这类工具还有一个妙用-可用于设计简并引物,简并序列一目了然,如下图的第7个碱其位点,G/A=R。
Q6. 如何在多重比对序列的上方显示对应的蛋白质二级结构?
A6:使用 ESPript(http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi)对多重比对序列着色的同时,上传预测的蛋白质结构文件*.pdb 即可,效果如下图所示:
Q7. 如何批量将核苷酸序列翻译为蛋白质序列?
A7:推荐使用 MEGA 中的Alignment Explorer,先将待翻译的序列以 FASTA 格式保存,鼠标右键“打开方式”选择用MEGA打开,在MEGA界面点击“Translated Protein Sequence”即可(下图箭头指示位置),最后在“Data”菜单导出序列保存:
Q8. 如何快速批量下载指定的序列?
A8:通常办法是借助一些生物软件的检索功能,诸如:Bioedit、Geneious、MacVector等。其实,NCBI自带的Batch Entrez 只需简单三步即可轻松完成这一任务,详见本人空间日志《如何批量下载指定的序列》:http://user.qzone.qq.com/58001704/blog/1359943301 。
Q9. 如何快速进行基因的选择压力检测及检验?
A9:提及基因选择压力的检测,Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)可能是第一反应的分析工具,但PAML的操作令不少初学者望而却步,快速完成基因的选择压力分析,推荐使用一个在线服务器Adaptive Evolution Server(http://www.datamonkey.org/),提交序列后,先选择一个最适的进化模型,再选择一个压力检测方法即可,如:病毒群体的可以选用IEFL法。
【Raindy 注】Adaptive Evolution Server中GARD法是目前流行用于检测重组的方法,非常不错,推荐使用。
Q10. 如何对多重比对序列进行排序?
A10:由于序列比对矩阵分值的不同,Clustalx比对后的序列顺序会发生变化,解决比对后序列重新排序的问题,可以使用两个软件:(1)MEGA5 中的子程序 Alignment Explorer,点击Species/Abbriviation栏即可实现序列升/降排序;(2)直接用 MAFFT软件比对,在输出格式选项设置输出序列顺序即可,详见本人空间日志《MAFFT多重序列比对图解教程(By Raindy) 》。
Q11. 如何对多重比对序列进行排序?如何解决 Word 2007/2010 中打开带 EndNote X6/7 的文件响应缓慢甚至假死问题?
A11: 由于Word中某一项拼写和语法检查功能与 EndoNote 冲突,依次打开在 Word 中点击"文件"-“选项”-“校对”-“在Word文档中更正拼写和语法时”标签,取消选中“键入时标记语法错误”即可。
欢迎提供各种生物学软件使用过程中遇到的问题,To be continued..
首发于本人QQ空间:http://user.qzone.qq.com/58001704/blog/1359983112
Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )
GMT+8, 2024-9-1 21:24
Powered by ScienceNet.cn
Copyright © 2007- 中国科学报社