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常见生物软件使用技巧汇集（持续更新）

已有 25649 次阅读 2013-5-20 09:35 |个人分类:软件教程|系统分类:科研笔记| 技巧, 软件

【絮语】和生物学软件打交道，难免会遇到各式各样的问题，如何针对不同软件的特点，择优选用以事半功倍解决问题？鉴于此，特整理此帖，希望对新手有用，持续更新，敬请关注。

Q1.怎么查找序列保守区？
A1：很多人查找序列保守区，一般通过序列多重比对后，肉眼判断序列保守区，但此法难免太主观，不具重复性，且选择的保守区无法受统计上的显著性检验。其实，实现这一目的，可以使用DnaSP--> “Analysis” -->“Conserved DNA region”...

【Raindy 注】设计简并引物，用此法，简单易用，强烈推荐...

Q2. 多个 FASTA格式保存的单条序列如何批量快速合并为一个文件？
A2 ：一条条添加，费时费劲，且容易出错。解决的办法有两个：一是可以通过DNAMAN的“多重序列比对”后导出功能，即：添加序列所在的目录，或全选相关文件，进行多重比对，导出Clustal aln 文件，然后再转换为FASTA；二是使用我们2012年新开发的序列火枪手套件的“Seq Merger.exe” 即可快速实现合并。

Q3. 如何解决 Clustalx 多重比对（*.Aln格式）后转为MEGA 格式时提示出错的问题？
A3：检查所转换 MEGA 的 *.meg 文件最后几行内容是否有*号，全部删减之即可。因为 Clustalx 多重比对后，程序会自动添加一致序列。

Q4. 为什么DNAMAN软件的很多功能菜单都显示无法使用？
A4：DNAMAN软件的精华在于通道（Channel）的应用，遇到功能菜单呈灰度无法使用时，不妨将序列载入通道后再试试...

Q5. 如何让多重比对美观显示又不占篇幅？
A5：推荐使用Web Logo （http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi）或 Sequence Logo之类的在线工具处理。其实这类工具还有一个妙用－可用于设计简并引物，简并序列一目了然，如下图的第7个碱其位点，G/A=R。

Q6. 如何在多重比对序列的上方显示对应的蛋白质二级结构？
A6：使用 ESPript（http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi）对多重比对序列着色的同时，上传预测的蛋白质结构文件*.pdb 即可，效果如下图所示：

Q7. 如何批量将核苷酸序列翻译为蛋白质序列？
A7：推荐使用 MEGA 中的Alignment Explorer，先将待翻译的序列以 FASTA 格式保存，鼠标右键“打开方式”选择用MEGA打开，在MEGA界面点击“Translated Protein Sequence”即可(下图箭头指示位置)，最后在“Data”菜单导出序列保存：

Q8. 如何快速批量下载指定的序列？
A8：通常办法是借助一些生物软件的检索功能，诸如：Bioedit、Geneious、MacVector等。其实，NCBI自带的Batch Entrez 只需简单三步即可轻松完成这一任务，详见本人空间日志《如何批量下载指定的序列》：http://user.qzone.qq.com/58001704/blog/1359943301 。

Q9. 如何快速进行基因的选择压力检测及检验？
A9：提及基因选择压力的检测，Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)可能是第一反应的分析工具，但PAML的操作令不少初学者望而却步，快速完成基因的选择压力分析，推荐使用一个在线服务器Adaptive Evolution Server（http://www.datamonkey.org/），提交序列后，先选择一个最适的进化模型，再选择一个压力检测方法即可，如：病毒群体的可以选用IEFL法。
【Raindy 注】Adaptive Evolution Server中GARD法是目前流行用于检测重组的方法，非常不错，推荐使用。

Q10. 如何对多重比对序列进行排序？
A10：由于序列比对矩阵分值的不同，Clustalx比对后的序列顺序会发生变化，解决比对后序列重新排序的问题，可以使用两个软件：（1）MEGA5 中的子程序 Alignment Explorer，点击Species/Abbriviation栏即可实现序列升/降排序；（2）直接用 MAFFT软件比对，在输出格式选项设置输出序列顺序即可，详见本人空间日志《MAFFT多重序列比对图解教程（By Raindy）》。

Q11. 如何对多重比对序列进行排序？如何解决 Word 2007/2010 中打开带 EndNote X6/7 的文件响应缓慢甚至假死问题？
A11：由于Word中某一项拼写和语法检查功能与 EndoNote 冲突，依次打开在 Word 中点击"文件"-“选项”-“校对”-“在Word文档中更正拼写和语法时”标签，取消选中“键入时标记语法错误”即可。