数据导出/数据联结(Export/Concatenate)
作者:蔡何青,FlowJo 技术专员
除了多色分析、软件补偿、周期分析、增殖分析和动力学分析之外,FlowJo还具有许多特色功能,本文中介绍的是数据导出/数据联结功能。通过数据导出/数据联结,在FlowJo中我们可以实现:
1. 将某个FCS数据导出为CSV格式数据,查看每个Event各项参数的数值(比如FSC-H、SSC-H、FL1-H)
2. 更改数据中的细胞总数,并将其重新导出为一个FCS数据。可以利用此功能将某个实验中所有的FCS数据导出为含有相同细胞数目的样本。
3. 将样本中某个细胞群的数据导出为一个FCS数据。
4. 将多个FCS数据联结为一个数据,此功能可以用在抗体滴定实验中,能非常直观的找到最适的抗体浓度。
窗口介绍
在“工作台”(Workspace)菜单栏中选择“导出/数据联结”(Export / Concatenate),打开窗口,如下图所示:
导出为CSV格式数据:
从CSV格式数据中,能够查看到每个Event各个参数的数值。下面例子中的数据为一个补偿过的多色实验的数据。我们能从CSV表格中查看到补偿前后各个参数的数值,能够看到有的Event在补偿之后某个荧光参数出现了负值(红色标注部分)。
更改细胞总数并重新导出为FCS数据:
你可以将某个实验的所有样本都导出为含有同样细胞数目的样本,再进行比较。
将样本中某个细胞群的数据导出为一个FCS数据
下面的例子中,是需要将淋巴细胞群和单核细胞群导出为一个FCS数据。首先在工作台中将lymphocytes和monocytes选中,再进行导出。
将多个FCS数据联结为一个数据
下面例子中的数据来自于一个抗体滴定实验,抗体为CD8-FITC,Sample 1为空白对照,从Sample 2到Sample 8,抗体浓度进行了2倍梯度稀释。
再进行数据联结的时候,先在工作台中将Sample 1到Sample 8全部选中,然后在Export/Concatenate窗口中勾选Concatenate,并选择导出的数据格式,如下图所示:
Exprot后,得到的数据结果如下图所示:
在分析的时候,X轴选择Sample ID,Y轴选择FL1-H(CD8-FITC),图中从左到右依次为Sample 1~ Sample 8,随着抗体浓度的递减,CD8-FITC阳性细胞群的FITC荧光强度发生变化,我们能够从图中很直观的看出Sample 4中所用的抗体浓度为最适浓度。
https://blog.sciencenet.cn/blog-349948-632808.html
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