2012年5月的《PLoS ONE》介绍了一种有参考基因组的基因定位的新方法——BSR-Seq（转录组测序结合BSA）；此方法在分离群体中选择极端性状的个体构建两个池，提取两个池的总RNA，进行转录组测序，测序层数根据混池个数和物种的基因组大小。然后用经典贝叶斯算法分析转录组数据，开发SNP标记，预测候选基因。

本文用玉米gl3突变体验证了此方法的有效性，作者用gl3突变体和非突变型株系构建了F2群体，性状鉴定后各选30株极端性状植株构建混池，用Illumina GAIIx测序，测了两个lane，每个lane的数据都超过13000000的reads，通过数据分析，开发了64,000个SNP标记，把基因定位到2M的区间，基因注释分析，一个编码候选myb转录因子的基因是候选基因。

本方法的优点：1.可用于大基因组物种，因为BSR-SEQ只对mRNA测序，去除了大量的重复序列和无用序列（例如转座子序列等），减少了测序成本，是一种低价和高效的基因定位方法,这点比基于DNA测序的全基因组测序有优势。

2 因为他含有大量的RNA-seq数据，知道性状相关基因的表达模式，利用这些差异可以开发SNP标记，进一步精细定位；也可以看相关基因的表达差异确定候选基因，就像文章中的一样只有一个基因在突变体池中表达下调，就可以确定是这个基因是候选基因。

   本方法的不足：1 定位的结果由亲本的多态性，测序深度，混池的个数决定，参数较多，为了得到最佳参数需要多次模拟实验。

  2 需要参考基因组，但是目前测序的物种是少数限制了它的运用范围。虽然文中说如果物种的多态性高可以弥补基因组组装的好坏。

  3 它是对mRNA测序，只能定位蛋白编码基因，而对一些突变发生在调控区域的基因无法定位。

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