分类学的本质是人类对知识系统的归纳总结，并无确定的标准，可以用各种方式，只要适用就好
应用到在生物学上，由于生物的特性，各种不同的分类方法往往能得到在大体上一致的结果，细节上可能有出入，
但这些不同的结果里不能说哪种分类方法的结果更加正确，只能说他们哪些合适哪些不合适的。

系统发育学是彻底的生物学的方法，有唯一正确的解即生物演化史。只是一般不能被直接观察到，需用其他方法推测
其实可以把系统发育归到广义的分类学里，即按生物单元的出现时间对生物单元进行的分类。

因此在生物上，一般分类学与系统发育学的区别在于研究目的不同，一般分类学有多种多样的目的，因而有多种不同的可能结果，
而系统发育学只有一个目的，就是重建生物演化史，所以只有唯一正确的标准。
有人习惯用标准的系统发育树作为生物分类结果好坏的依据，我觉得没有必要，
如果这样做了，你的研究目的就改变了，你实际上研究的是一种构系统发育树的方法，用分类法去推测系统发育树而已。

 做生物学研究应当明确自己的研究的是一般分类学还是系统发育学
一般分类学应用在生物学中就是应用生物的表现或基因型特征对分类单元进行分类，
系统发育自然是对分类单元按出现时间的先后分类。
要考虑：
做特征分类，如何检验自己的分类效果好不好
做系统发育分析，又该如何验证自己的结果？
生物特征的演化是和时间紧密关联的，但确实也是有区别的。
 要明确自己的需求，仅仅需要特征呢？还是需要知道分化先后时间，如需知道分化的先后
由于系统发育是对分类单元按出现时间的先后分类，而分类单元按出现时间的先后一般不能被直接观察到
因而用基于特征分类去推测时间先后，也可以用基于距离的方法推出
具体那种推测法好，这要搞清楚研究对象的演化特性：进化速率恒不恒定？
会不会水平基因转移？重组率如何？单倍体还是多倍体？有无物种界限？
进化速率恒定的可以用基于距离的系统发育法，不水平基因转移，低重组率的可以用基于特征的系统发育法。

 ps：基于序列的系统发育分析工作之前有许多前期工作如序列的assembly，alignment。。
常被误认为是系统发育分析的一部分，其实这些部分都是可以避开的，可以替代或转换形式的。
系统发育学真正的核心是基于特征或距离的构树，它是独立于前期工作之外的，是对不同数据形式普适的。
在算法上前期工作可以有大量提升的空间，但系统发育的核心部分，就必须有那么多的固定的计算量无法避免。