3D-Dock suite - The growing number of individual protein structures in the databases and the relatively small number of solved complexes makes predictive docking an important theoretical method.
FTDock ( F ourier T ransform Dock ) performs rigid-body docking on two biomolecules in order to predict their correct binding geometry.
RPScore ( R esidue level P air potential Score ) uses a single distance constraint empiricaly derived pair potential to screen the ouptut from FTDock.
MultiDock ( Multiple copy side-chain refinement Dock ) : A further improvement in the quality of the predictions
[U]Accelrys[/U]  - Accelrys is the leading provider of simulation and informatics software and services to R&D organizations in the pharmaceutical, biotechnology, and chemicals industries.
Accord : A wealth of facilities for chemical data management on client and server platforms.
Catalyst : Modeling, hypothesis generation and structure search for drug discovery.
Cerius2: The leading modeling and simulation environment for SGI IRIX workstations and other servers.
Chemical Databases : Accelrys provides a range of high quality chemical databases. These are updated on a regular basis from scientific literature and public data sources.
CNX : Tools for X-ray and NMR structure determination.
Consortia : Groups of industrial researchers, academic experts, and Accelrys scientists, focused on developing, validating, and applying molecular simulation to a particular research area.
Consulting Services : Bespoke solutions, tailored to your needs.
Diamond : The most advanced and comprehensive decision support software solution for life sciences research.
Discovery Studio : is a complete range of life science applications spanning scientific disciplines within a single unified platform. By enabling discovery scientists to capture, manage, analyze, and use biological and chemical data and information within an integrated system
DIVA : A desktop application for working with chemical and biological data.
Felix : The industry standard for off-line data processing, spectral visualization and analysis software for all types of NMR data.
GCG Link : The connectivity software that accesses the database searching programs of the GCG Wisconsin Package from the OMIGA desktop.
GCG Wisconsin Package : The software of choice for comprehensive sequence analysis.
GRAIL Pro : A popular gene discovery and sequence feature identification tool for the analysis of genomic sequences.
Insight II : A modeling and simulation environment for SGI IRIX workstations and other servers.
MacVector : The leading sequence analysis package for the Macintosh.
Materials Studio : High quality materials modeling on the PC - supporting NT, LINUX and UNIX servers.
MedChem Explorer : MedChem Explorer is a new Web browser-based PC software suite for medicinal chemists.
Nucleic Acid and Protein Databases : Data Update Services provide timely delivery of nucleic acid and protein public databases formatted for use with the GCG Wisconsin Package.
OMIGA : Nucleic acid and protein sequence analysis software providing key scientific analyses, including BLAST and Entrez database searches.
OMMM : Management of screening information in drug discovery research.
QUANTA : Advanced tools for macromolecular X-ray crystallographers.
RS3 Discovery : A comprehensive discovery information management solution built entirely in Oracle.
TOPKAT : A software-based system that computes and automatically validates assessments of toxic and environmental effects of chemicals solely from molecular structure.
Tsar : A fully integrated 2D QSAR package for finding trends in data using statistical and visual analysis tools.
SeqMerge : A fragment assembly tool for managing individual assembly projects and for high-throughput production.
SeqStore : Tools to help you build in-house Oracle? databases; receive automated data updates; analyze sequences; and create an automated sequence analysis pipelines.
SeqWeb : A simple web interface to a core set of GCG Wisconsin Package programs.
[U]ACD(Advanced Chemistry Development)[/U]  - In addition to the acclaimed freeware PC Chemical Drawing package ChemSketch , and their popular Naming, NMR, and physicochemical prediction software, Advanced Chemistry Development offers powerful manipulation and database tools for NMR, HPLC, MS, and IR/UV-VIS. The search capabilities of these packages includes full- and substructure searching capability.
2D NMR Predictor
Aldrich Library of FT NMR Spectra
Boiling Point
ChemBasic
ChemDraw Extensions for ACD/Labs
ChemFolder
ChemSketch ( 3D ViewerDictionary , Tautomers )
ChromManager
ChromManager SQL
CNMR
Combi NMR
Dictionary 
FNMR
GC Simulator
HNMR
Index Name
ISIS Integration Add-ins
LC Simulator
LogD Suite
LogP DB ( LogP Calculator )
Method Development Suite
Millennium32 Advanced Structures Package
Mol2Gif
MolX
MS Manager Suite
Name ( Name Generator , Name Batch)
Name to Structure
PhysChem Batch ( Boiling Point Module, pKa Module, LogP Module, LogD Module )
pKa DB
PNMR
Sigma Pro
SLIMS
Solubility
SpecManager (  NMR Module, 2D NMR Module, MS Module, UV-IR Module, SpecDB Module)
SpecManager SQL
SpecViewer
SpecX
Structure Elucidator
ActivityBase - ID Business Solutions Limited activity data management and analysis program.
[U]AIMPAC[/U] - This is the official download page for the AIMPAC suite of software applications. The previous system, which involved e-mailing the sourcecode to those who wanted it, is no longer being provided. This webpage will provide easy downloading of the sourcecode needed to run the AIMPAC programs, plus helpful information
ALOGPS homepage  - This program predicts lipophilicity, logP, and aqueous solubility, logS, of compounds.
[U]AMBER[/U] - Assisted Model Building with Energy Refinement , AMBER refers to two things: a molecular mechanical force field for the simulation of biomolecules (which is in general use in a variety of simulation programs); and a package of molecular simulation programs which includes source code and demos. The current version of this package is AMBER ver 5 which is sold for UCSF by Oxford Molecular, subject to a licensing agreement as described below. The code is written in Fortran and C and requires approximately 65 megabytes of disk space. AMBER is developed in an active collaboration of Peter Kollman and the Kollman group at UCSF, Dave Case at The Scripps Research Institute, Ken Merz at Penn State, David Ferguson at the University of Minnesota, Tom Darden at NIEHS, and Dave Pearlman at Vertex Pharmaceuticals.
[U]ASAD Homepage[/U] - ASAD (A Self-contained Atmospheric chemistry code) is a package that has been developed for integrating chemical schemes in atmospheric models without the need to write any FORTRAN code to solve the chemical rate equations.
ArgusLab  -  Computational Chemistry Software, A molecular modeling, graphics, and drug design program
AutoDock  - AutoDock is a suite of programs designed to predict the bound conformation(s) of a flexible ligand to a macromolecular target of known structure, like an enzyme or DNA. AutoDock has also been used in the prediction of the structure of protein-protein complexes. AutoDock has found application in the computer-aided design of bioactive compounds and in the prediction of peptide  binding to antibodies.  
AutoDock How to-linux
AutoDockTools : GUI to set up, launch and analyze AutoDock runs
B - B a Java-based, on-line biomolecular modeling package. It should be useful in generating initial structures of biopolymers and small organic molecules. Simple force-field energy minimizations can be carried out in addition to simulated annealing with molecular dynamics
[U]Babel[/U]  - Babel is a program designed to interconvert a number of file formats currently used in molecular modeling.
[U]Barnard Chemical Information Ltd[/U]  - Barnard Chemical Information (BCI) Ltd is a small company, based in Sheffield, UK, offering highly specialised chemical informatics software and services to clients world wide.
Structure Fingerprints - Structure Fingerprints represent chemical structures as strings of up to a few thousand bits, each of which indicates the presence or absence of certain structural features in the molecule. Comparison of the fingerprint bitstrings for different molecules allows the calculation of numerical similarity measures, and such measures can also be used in clustering large files of molecules.
Clustering - Clustering is a process of automatic classification of the chemical structures in a dataset, on the basis of similarities between them.
Diversity Analysis - Diversity Analysis calculates numerical measures of the structural diversity of different datasets, which can be used to compare them, and also rapidly selects subsets of maximally dissimilar compounds from them using a choice of two recently-published algorithms.
MOLSMART - MOLSMART is able to convert R-group Query Files in MDL’s RGfile format, and reaction files in Rxnfile format (which can be created using MDL’s ISIS/Draw program, or CambridgeSoft?ˉs ChemDraw program) to Daylight SMARTS and Reaction SMARTS patterns, which can be used in Daylight?ˉs MERLIN chemical structure search system.
BioByte - Dr. Corwin Hansch, Professor Emeritus at Pomona College in California, and Dr. Albert Leo, Adjunct Professor at that institution, have formed a company to develop and support computer software which can be of use in the design of pharmaceuticals and pesticides as well as in the study of environmental toxicology.
ClogP
CQSAR  
Biographics Laboratory 3R
Quasar - The quasi-atomistic receptor modeling software Quasar is a 5D-QSAR tool - the fourth dimension being the possibility to represent each molecule by an ensemble of conformations, orientations or protonation states, thereby reducing the bias associated with ligand alignment.
PrGen - The pseudoreceptor-modeling software PrGen allows to construct a three-dimensional peptidic binding-site model for a structurally uncharacterized bioregulator.
Yeti - Yeti is a molecular mechanics program for modeling proteins and small-molecule protein complexes. 
MacBio - The molecular-modeling software MacBio is a versatile tool for building, analyzing and minimizing molecular structures.
BIOJAVA - BioJava is an open-source project dedicated to providing a Java framework for processing biological data. It include objects for manipulating sequences, file parsers, DAS client and server suport, access to BioSQL and Ensembl databases, and powerful analysis and statistical routines including a dynamic programming toolkit. 
Bioperl - The Bioperl server provides an online resource for modules, scripts, and web links for developers of Perl-based software for life science research. We can also provide web, FTP and CVS space for individuals and organizations wishing to distribute or otherwise make freely available standalone scripts & code.
Bioreason - Bioreason was founded in 1998 in Santa Fe, New Mexico, to address the needs of pharmaceutical, biotech, and agricultural product companies in the search for new lead compounds based on large, complex data sources. Bioreason’s intellectual property base includes technology in structure-based classification, automated reasoning, integrating data sources for decision-making, and support interfaces for chemists and biologists. 
ClassPharmer Suite is designed to be used by screeners, computational chemists, and medicinal chemists for rapid and in-depth analysis of data from screening. 
BioSolveIT GmbH - BioSolveIT is a recently founded Bio- and Cheminformatics company. Our core businesses are software, services, and research collaborations. With three founders in academia BioSolveIT has it’s backbone in research and catalyzes the genesis of products off of basic research successes. 
FlexX - FlexX is a computer program for predicting protein-ligand interactions. 
FlexS - FlexS is a computer program for predicting ligand superpositions.
FlexE - FlexE is derived form FlexX in order to take protein flexibility into account. 
FlexV - FlexV is a general-purpose molecular viewer for UNIX System V workstations.
Ftrees - Feature Trees is a new kind of descriptor for molecular similarity and diversity analysis.
HTSview - HTSview is a graphical user interface (GUI) for the analysis of huge HTS data sets. 
ToPLign - ToPLign implements standard pairwise and multiple alignment methods with flexible parameter handling.
BOSS - (Biochemical and Organic Simulation System). Monte Carlo statistical mechanics simulations of organic molecules, complexes and reactions in solution.
CAChe Group  - CAChe is designed to work the way experimental chemists work. Identify properties of interest using a simple menu interface. CAChe computes the properties using its extensive built-in library of computational chemistry tools. Every tool can be calibrated to experimental data to improve the accuracy of predicted results. Product :
CAChe : computer-aided chemistry for experimental chemists
CAChe for medicinal chemists : computer-aided chemistry for medicinal chemists
Dgauss : high accuracy add-on for CAChe and CAChe for Medicinal Chemists
Materials Explorer : molecular dynamics software for Windows
Winmopac : easy-to-use MOPAC for Windows
ChemFrontier : an advanced tool for creating publication-quality 2D and 3D chemical structures and reaction diagrams, and for 2D-3D structure interconversion. 
[U]CambridgeSoft Home Page[/U]  - CambridgeSoft.Com operates the leading Internet chemistry community, with web indexed database content and news (ChemFinder.Com and ChemNews.Com), and business-to-business e-commerce (ChemStore.Com), for scientists and researchers in the pharmaceutical, biotechnology, chemical industries and universities.
ChemOffice : A chemistry software suite composed of ChemDraw, Chem3D, ChemFinder and more.
ChemDraw : The industry leader of chemical drawing programs.
Chem3D : Brings workstation quality molecular modeling and display to your desktop.
ChemFinder : A chemically intelligent database manager and search engine. Also includes pre-existing ChemInfo databases.
ChemInfo: ChemACX, ChemINDEX... : A comprehensive set of ChemFinder databases for all types of reference work: ChemACX, ChemACX-SC, ChemINDEX, ChemRXN and ChemMSDX.
E-Notebook : Electronically organizes information that is typically stored in paper notebooks by incorporating MS Excel & Word, ChemDraw reactions, stoichiometry grids and spectral data.
ChemOffice WebServer : Provides compound registration, structure searching and access to relational data stored in Oracle from an easy to set up Web interface.s.
Cambridge Crystallographic Data Centre - The CCDC is dedicated to the advancement of chemistry and crystallography for the public benefit through providing high-quality information services and software.
ConQuest : New Interface to the CSD 
VISTA : Statistical Analysis of Geometric and Other Data 
Mercury : Crystal Structure Visualisation Available for free download
PreQuest : Creation of In-house Databases 
IsoStar : Knowledge Base of Intermolecular Interactions 
Mogul : A Knowledge Base of Molecular Geometry, due for release 2004
SuperStar : Predicting Protein-Ligand Interactions 
GOLD : Protein-Ligand Docking
Relibase+ : Easy Searching of Protein-Ligand Complexes 
DASH : Structure Solution from Powder Diffraction Data 
Chemistry Development Kit (CDK) - The Chemistry Development Kit (CDK) is a Java library for structural chemo- and bioinformatics. It is now developed by more than 20 developers all over the world and used in more than 10 different academic as well as industrial projects world wide.
[U]CHARMM Home Page[/U] - CHARMM (Chemistry at HARvard Molecular Mechanics) is a program for macromolecular simulations, including energy minimization, molecular dynamics and Monte Carlo simulations. The CHARMM Development Project involves a network of developers in the United States and elsewhere working with Professor Karplus and his group at Harvard to develop and maintain the CHARMM program. The current released version of CHARMM is version 27b1. If you are running an earlier version, you should consider upgrading. Academic users can obtain CHARMM by contacting The CHARMM Development Project.
Chemaxon   - ChemAxon is a leader in providing Java based chemical software development platforms for the biotechnology and pharmaceutical industries. 
Marvin
Calculator plugins
JChem Base
JChem cartridge
Standardizer
Screen
JKlustor
Reactor
Fragmenter
[U]ChemInnovation Software[/U] - is a leading provider of chemistry graphics and nomenclature software.
Chemistry 4-D Draw(TM),
NamExpert (TM),
Nomenclator (TM),
PowerRef (TM),
ChemSite (TM) ,
NamExpert and Nomenclator Add-ons for CS ChemDraw (TM),
Chemistry 4-D Nomenclator Database and Chemistry 4-D Database
Chem-It - Chem-It is freeware program for the novice chemistry student. The current version includes an interactive periodic table, conversion charts, and much more.
Chemland - educational java applets (about 40) explaining many principles in chemistry
ChemoSoft  - ChemoSoftTM is an integrated software environment ensuring chemoinformatics solutions for drug design, combinatorial and classical chemistry. 
Drug design
Combi. Chem.
Classical chemistry
Database remote access
[U]Chempen3[/U] - This is a program for building 3D molecular structures, analyzing molecular geometry and reaction energetics, and for exploring molecular mechanics. This is a fully functional 60 day trial versions of ChemPen and ChemPen3D
[U]Cherwell Scientific[/U] - Cherwell Scientific develops and markets innovative software products and services for researchers in chemistry, genetics and the environmental and biomedical sciences. Our customers include the world’s leading pharmaceutical, chemistry and biotech companies and our software is used in many of the world’s major universities.
ChemSymphony
gNMR
ModelMaker
EndNote
ProCite
EasyPlot
CiT GmbH - develops software for the modeling and simulation of chemical processes. Packages cover kinetic systems, particle processes, waste-water purification, and more. 
[face=Arial,Helvetica,sans-serif]PREDICI is the leading simulation package for the modeling and dynamic simulation of arbitrary macromolecular processes.
[face=Arial,Helvetica,sans-serif]The detailed kinetic modeling of a reactor is a necessary condition for a successful process description. PRESTO-KINETICS has been designed to support this key requirement.
[face=Arial,Helvetica,sans-serif]PARSIVAL is a general tool for the description and simulation of dispersed systems. Main applications are industrial crystallization, dispersion, granulation, particle reactions in two phases and general reaction-convection-diffusion systems.
[face=Arial,Helvetica,sans-serif]Based on the successful numerical technology of PARSIVAL, the application package RIOVAL is designed for the simulation of networks of rivers and purification plants in rural areas.
CompuDrug - CompuDrug was established in 1983 with the belief that computational approaches can contribute significantly to life science research. Based upon artifcial intelligence and chemistry expertise we have developed a range of interlinked expert systems and knowledge bases useful to pharmaceutical, biotechnology and regulatory research.
Windows program
Lead Evolution (EMIL 2.1)
Pallas Plug-in for ISISTM 1.1
pKalc 4.0 for Windows
PrologP 6.0 for Windows
PrologD 3.0 for Windows
MetabolExpert 11.0 for Windows
HazardExpert 4.0 for Windows
HPLC-EluEx 5.0
Unix program
pKalc 4.0 for UNIX
PrologP 6.0 for UNIX
PrologD 3.0 for UNIX
Daylight Chemical Information Systems, Inc.  - Daylight Chemical Information Systems. Inc. develops and distributes software tools (ToolKits) for creation of chemical information systems.
Thor - client/server chemical information archival
Merlin - client/server fast searching and display of data and structures
Database Package - Thor/Merlin package plus management
MCL - Merlin Control Language; Merlin scripting language
Database Manager Package - Thor and Merlin database management
Printing Package - printing support for PostScript devices
Clustering Package - programs for clustering large structure/reaction databases
Rubicon - a rule-based distance geometry program for 3D conformation generation
PCModels - hydrophobicity and polarizability prediction
CombiChem Package - a set of integrated tools for combinatorial chemistry
Reaction Package - a set of integrated tools for reaction databases
DayCGI - CGI demos and tools for web application design
Java Tools - Java applets and development environment
SMILES Toolkit- fundamental chem info objects and algorithms
Depict Toolkit - 2D and 3D objects and display
SMARTS Toolkit - substructure description and recognition
Fingerprint Toolkit - chemical structure characterization
Monomer Toolkit - object support for combinatorial mixtures
Thor Toolkit - object-oriented interface to all database operations
Merlin Toolkit - object-oriented interface for high-speed searching
X-Widgets Toolkit - high-level X-Windows user interfaces
Program Object Toolkit - Access your own programs as Daylight objects
Reaction Toolkit - Reaction processing
DayCart - the Daylight Chemistry Cartridge for Oracle.
Remote Toolkit - full toolkit services to PC and Mac network clients; programming environment for PC/Mac toolkit development
DL-POLY  - DL_POLY is a general purpose serial and parallel molecular dynamics simulation package originally developed at Daresbury Laboratory by W. Smith and T.R. 
DOCK - Dock is a programme for proposing molecules to bind to a receptor. It is the prototypical programme for structure based design, allowing large databases to be docked. The speed is in part attributable to the concept of filling the active site with spheres. Current versions allow for ligand flexibility.
search databases of molecular structures for compounds which act as enzyme inhibitors or which bind to target receptors,
search databases for DNA-binding compounds,
examine possible binding orientations of protein-protein and protein- DNA complexes,
identify species-selective inhibitors, and to
design combinatorial libraries.
DockCrunch - The DockCrunch project is a unique initiative to perform a virtual screening experiment on a larger scale and at a more technically advanced level than attempted to date. This is possible by taking advantage of SGI’s high-performance computing platforms to run Protherics’ novel computer-aided molecular design (CAMD) software, Prometheus.
DockVision - DockVision is a revolutionary new docking package created by scientists for scientists. By including Monte Carlo, Genetic Algorithm, and database screening docking algorithms in one complete docking package, DockVision increases your capability to generate laudable results. 
DomainFinder - DomainFinder is an interactive program for the determination and characterization of dynamical domains in proteins. Its key features are computational efficiency: even large proteins can be analyzed using a desktop computer in a few minutes ease of use: a state-of-the-art graphical user interface export of results for visualization and further analysis (VRML, PDB, and MMTK object format)
DSSP - The DSSP (Definition of Secondary Structure of Proteins) program defines secondary structure, geometrical features and solvent exposure of proteins, given atomic coordinates in Protein Data Bank format. The program does NOT PREDICT protein structure. According to the Science Citation Index (July 1995), the program has been cited in the scientific literature more than 1000 times.
DTW Associate Inc. - DTW Associates, Inc. is primarily a provider of PC-Based software for the "practicing" scientists and engineers who work in the Chemicals and Allied Products Industries. Product : Polymer-Design Tools PC-based software for Computer-aided design, development and selection of polymers, uses Quantitative Structure-Property Relationship (QSPR) Methods in estimating properties of homopolymers and copolymers. PPP Handbook is an electronic handbook for properties of polymers. Formu-Tools is the most advanced PC-Based software now commercially available for formulation work.
ECEPPAK  - ECEPPAK performs the following calculations: 
Single Energy Evaluation. 
Single Energy Minimization 
Energy evaluation of Multiple Input Conformations 
Energy Minimization of Multiple Input Conformations 
Monte Carlo Search using a generalized MCM (EDMC) algorithm. 
PRODUCE an energy map for a pair of dihedral angles. 
Carry out an rms deviations analysis. 
Variable Target Function Procedure for structure determination.
[U]Edusoft[/U] - eduSoft, LC  was started by Drs. Glen E. Kellogg and Donald J. Abraham of the Department of Medicinal Chemistry of Virginia Commonwealth University (Richmond, VA) in 1993. Our mission is to provide unique and novel computer-based tools for drug design and molecular biology that are modestly priced.
HINT!?(Hydropathic INTeractions) is a novel empirical molecular modeling system with new methods for de novo drug design and protein or nucleic acid structural analysis. HINT? calculates 3D hydropathy fields that are useful as tools for 3D QSAR (e.g., CoMFA in Sybyl-compatible versions of HINT). HINT calculates 3D hydropathic interaction maps that are uniquely instructive for understanding biomacromolecular structure: substrate/inhibitor/drug binding to proteins and nucleotides, protein subunit interactions, and protein folding.
Molconn-Z is the standard program for generation of Molecular Connectivity, Shape, and Information Indices for Quantitative Structure Activity Relationship (QSAR) Analyses. New parameters and concepts of QSAR, including the E-State, have been introduced first in Molconn-Z.
[U]Hypothetical Active Site Lattice[/U] - HASL is 3D-QSAR software designed to run on the PC and SGI workstation.
Zap - electrostatics software is now available! Zap is a molecular electrostatics calculation suite co-produced by eduSoft, LC and OpenEye Scientific Software.
EGO - EGO is a program to perform molecular dynamics simulations on parallel as well as on sequential computers at Bayerish Acadamie of Science, Munich, Germany  (Unix and PC (with GNU-c compiler); free downloadable).
[U]Environmental Science Center[/U]  - The Environmental Science Center (ESC) of Syracuse Research Corporation (SRC), is a world leader in scholarly research in environmental chemistry, toxicology and risk assessment.
KowWin : KowWin estimates the log octanol-water partition coefficient, log P, of chemicals using an atom/fragment contribution method developed at SRC. 
AopWin : The gas-phase reaction rate for the most prevalent atmospheric oxidant, hydroxyl radicals, with chemical compounds is estimated by AOP. Gas-phase ozone and nitrate radical reaction rates are also estimated, as appropriate. Atmospheric half-lives for each reaction are automatically determined.  
HenryWin : This program calculates the Henry’s Law constant (air/water partition coefficient) using both the group contribution and the bond contribution methods.,
MPBPVP : Melting point, boiling point, and vapor pressure of organic chemicals are estimated using a number of techniques.
BioWin : BioWin, the biodegradation probability program, calculates the probability that an organic chemical will biodegrade rapidly (or slowly) under aerobic conditions.
PcKoc : The ability of a chemical to adsorb to soil and sediment, its soil adsorption coefficient (Koc), is estimated by this program.
WsKow : WsKow estimates an octanol/water partition coefficient using the algorithms in SRC’s LogKow program and estimates a chemical’s water solubility from this value.
Hydro : Hydrolysis rate constants for specific organic classes are estimated by Hydro. A chemical’s half-live under typical environmental conditions is also determined.
EPI Suite : EPI (estimation program interface) integrates SRC’s suite of estimation software by allowing a single input to obtain the above environmental/chemical properties. It also estimates a chemical’s rate of volatilization from a model river and lake to the atmosphere as well as its expected fate in a sewage treatment plant and level III fugacity model.
DermWin : This program estimates the dermal permeability coefficent (Kp); an indicator of the potential for a chemical to be absorbed through the skin.
ECOSAR : The ECOSAR Class Program is a computerized version of the ECOSAR analysis as currently practiced by EPA’s Office of Pollution Prevention and Toxics (OPPT). This analysis involves the application of SARs (Structure Activity Relationships) to predict the aquatic toxicity of chemicals (LC50, EC50, chronic, etc.) for various aquatic organisms (fish, daphnid, algae, etc.).
Bcfwin : This program estimates the bioconcentration factor (BCF) based upon chemical structure and log octanol-water partition coefficient.
EQS4WIN - EQS4WIN program calculates chemical equilibrium compositions for a broad range of systems, based on the algorithms of Smith and Missen.
Espoir (Univ. du Maine-France) - A special purpose Reverse Monte Carlo code for ab initio crystal structure determination
[U]Fantom[/U] - The main purpose of the program FANTOM (Fast Newton - Raphson Torsion Angle Minimizer) is the calculation of conformations of linear and cyclic polypeptides and proteins with low conformational energies including distance and dihedral angle constraints from nuclear magnetic resonance experiments or for modeling purposes.
Frowns - Frowns is a chemoinformatics toolkit geared toward rapid development of chemistry related algorithms.  It is written in almost 100% Python with a small portion written in C++.
[U]GeneMine Home Page[/U] - GeneMine is the first expert bioinformatics data mining system to automatically query multiple independent sources. GeneMine￠a has been designed to provide users with a set of features that can be readily customized to their specifications.
gHemical - Ghemical is a computational chemistry software package and it can do all-atom molecular mechanics. Geometry optimization, molecular dynamics and some visualization tools are available.
GOLD - GOLD is a program for calculating the docking modes of small molecules into protein binding sites. The product of a collaboration between the University of Sheffield, GlaxoSmithKline plc and CCDC, GOLD is very highly regarded within the molecular modelling community for its accuracy and reliability. 
GRASS - This tool is designed to facilitate the study of macromolecular function by mapping a number of structural, chemical, and biological properties onto various representations of molecular structure (molecular surfaces, wire frame, CPK spheres, or backbone tracing ribbons).
[U]GROMACS Home Page[/U] - GROMACS is a set of molecular dynamics code and analysis tools which is available from the GROMACS website Features of the software include: The GROMACS code runs your simulations *blazingly fast* on all UNIX platforms. The code is especially well-tuned for pipelined architectures, such as MIPS R8000, HP:PA-RISC, Intel i860 etc.
GROMOS - GROMOSTM is a general-purpose molecular dynamics computer simulation package for the study of biomolecular systems.
Java CML Filter Library (JCEL)  - The Chemical Markup Language (CML) is a XML application for storing and transporting chemical information. The first official release of CML was in spring 1999. Egon Willighagen wrote import and export filters in the Java programming language soon after. These Java classes are now avaiable under GPL license. The library makes use of the Chemical Data Object Programming Interface (CDOPI). Using the JCF Library means that the Java program must define a class that implements CDOPI. JCFL uses this subclass to store information taken from a CML file or stores the information in the subclass into a CML file. 
JOELib/JOELib2  - JOELib is a platform independent open source computational chemistry package written in Java.
HBPLUS - HBPLUS is a hydrogen bond calculation program from University College Londen.
[U]HotDock[/U] - HotDock allows to load arbitrary 3D-molecular structures, visualizes them in different common representations and interactively simulates a docking process. By means of a collision detection based on the structural properties of the loaded molecules, the program supports protein-ligand docking, but may also be used to simulate protein-protein docking as well. The tool is designed to teach, visualize and communicate results in chemistry and structural biology.
Hyleos  - This website proivide two free software
ChemFileBrower - ChemFileBrowser is win32 free sotfware designed to visualize and works with SDFile (MDL? format) used by chemists to exchange and store compounds and associated data . 
ChemView is a win32 free ActiveX control designed to visualize Mol File (MDL? format).
[U]Hypercube Home Page[/U]  - Hypercube is a scientific software company, incorporated in 1985, specializing in molecular modeling software. We believe ourselves to be the world leader in making serious molecular modeling accessible to chemists everywhere -- researchers and students alike.
HyperChem Release 7
HyperChem Release 6
HyperChem Standard
HyperChem Release 4.5 (SGI)
HyperChem Lite
HyperChem Data 3.0
Pocket HyperChem Release 1.0 (Win CE 2.0)
ChemPlus  
HyperNMR
Tutorials for Molecular Modeling
HyperChem Web Viewer
Q-Chem for Windows
Hyperspin (Hyperchem conformational search add-on)
K2d  - Protein secondary structure prediction from CD spectra. You can either use k2d via a web server or get the program and run it on your machine.
Lhase  - LHASA Limited is an independent, not-for-profit company established in 1983 with offices located in the School of Chemistry at the University of Leeds. 
DEREK - DEREK for Windows is a knowledge base expert system for the prediction of toxicological hazard.
METEOR - The real usefulness of METEOR is its ability to predict which metabolites are likely to be formed rather than all those possible.
LIGPLOT - LIGPLOT automatically generates schematic diagrams of protein-ligand interactions for a given PDB file. The interactions shown are those mediated by hydrogen bonds and by hydrophobic contacts.
Madison Technical Software - Madison Technical Software has been a leading software developer dedicated to excellence in chemical engineering design.
CHEMPAK : Properties Database and Estimator
VESSELPAK : Heat transfer analysis for vessels and reactors
ENVIROPAK : Combustion calculator & Incinerator design
STREAMPAK : Physical properties & calculator for steam
[U]MDL Information Systems, Inc.[/U]  - We are the recognized leader in discovery informatics for the life science and chemical industries. Our software, content, and services provide the enterprise framework for identifying successful new products. We are an international business headquartered in San Leandro, California with offices worldwide. MDL is a wholly owned subsidiary of Elsevier Science, Inc.
Assay Explorer: Flexible biological data management system,
Available Chemicals Directory (ACD): Database of chemicals and their suppliers,
Available Chemicals Directory-Screening Compounds (ACD-SC),
Central Library: Enterprise-wide information management for parallel and combinatorial synthesis,
ChemInform Reaction Library: Solution-phase synthetic methodology
Chemscape : Web access to structures and data,
Cheshire for ISIS: Environment for structure manipulation and analysis,
Comprehensive Heterocyclic Chemistry (CHC), Current Synthetic Methodology (CSM): New representative synthetic methodology,
Comprehensive Medicinal Chemistry (CMC): Biologically active compounds, MDL Drug Data Report (MDDR): Patent literature coverage,
ISIS : Integrated Scientific Information System,
ISIS Beilstein Interface : ISIS access to Beilstein database,
ISIS for Microsoft Excel: Spreadsheet access to structures and data,
LitLink Server: One-click access to the primary literature,
MDL File Formats: Published formats for chemical structures, reactions, and data
Metabolite : Metabolism information system,
OHS Safety Series: Environmental, health, and safety data management,
ORGSYN : Organic Syntheses, RX-JSM : Journal of Synthetic Methods,
Polymer : MDL? Polymer optimizes your material science research and engineering processes by providing polymer properties.
Project Library: Desktop information management for parallel and combinatorial synthesis
QSAR : MDL QSAR is a comprehensive QSAR modeling system that enables scientists to establish reliable quantitative structure-activity and structure-property relationships, create new calculators for in silico screening, and generate new compound libraries based on results
Reaction Browser: Reaction database search system,
Reaction Web: Web-based access to chemical reactions,
Reagent Selector: Chemists’ tool for selecting reagents,
Reference Library of Synthetic Methodology (RefLib): Collection of representative novel syntheses
SciGlass : MDL? SciGlass is designed to optimize your glass research and engineering processes by providing glass properties
SCULPT : 3D structural visualization and analysis,
SMART : Sample Management and Reagent Tracking system
Solid-Phase Organic REactions (SPORE): Solid-phase synthetic methodology,
Spotfire : Multi-dimensional, interactive data visualization,
THEILHEIMER : Synthetic Methods of Organic Chemistry,
Toxicity : Toxic properties of chemical substances,
MDynaMix - MDynaMix is a general purpose molecular dynamics code for simulations of mixtures of either rigid or flexible molecules, interacting by AMBER-like force field in a periodic rectangular cell. In the case of flexible molecules the double time step algorithm is used. Algorithms for NVE, NVT and NPT statistical ensembles are employed, as well as optimized Ewald sum for treatment of the electrostatic interactions. The program can be run both in sequential and parallel execution.
[U]MIA[/U] - MIA is a small company producing and distributing scientific software. This embeds chemometric strategies and expertise devoted to solve complex chemical problems according to the philosophy developed at the Laboratorio di Chemiometria of the University of Perugia (Italy) by Prof. Sergio Clementi and Dr. Gabriele Cruciani. 
GOLPE (Generating Optimal Linear PLS Estimations) is the state of the art chemometric toolbox for 3D QSAR.
ALMOND is a program specifically developed for generating and handling GRIND descriptors.
Q2 is a free chemometric toolbox. It contains most of the tools present in GOLPE, like PCA, PLS, FFD variables selection, advanced data pretreament, etc.. as well as many 2D and 3D plots
[U]Modeller[/U] - MODELLER is used for homology or comparative modeling of protein three-dimensional structures. The user provides an alignment of a sequence to be modeled with known related structures and MODELLER automatically calculates a model containing all non-hydrogen atoms. MODELLER implements comparative protein structure modeling by satisfaction of spatial restraints, and can perform many additional tasks, including de novo modeling of loops in protein structures, optimization of various models of protein structure with respect to a flexibly defined objective function, multiple alignment of protein sequences and/or structures, clustering, searching of sequence databases, comparison of protein structures, etc. MODELLER is written in Fortran 90 and runs on Pentium PC’s (Linux and Win XP), Itanium 2 and x86_64 (Linux), Apple Macintosh (OS X) and workstations from Silicon Graphics (IRIX), Sun (Solaris), IBM (AIX), and DEC Alpha (Tru64).
MOE    - MOE(Molecular Operating Environment) is an integrated Applications Environment and Methodology Development Platform. MOE integrates visualization, simulation and application development in one package.
High Throughput Discovery
(HTS)QSAR .
Combinatorial Library Design
Molecular Descriptors .
Compound Clustering .
Diverse Subset.
Recursive Partitioning
PROTEIN MODELING AND BIOINFORMATICS
Protein Structure Database .
Fold Identification .
Multiple Alignment .
Consensus Features .
Structure Prediction .
Protein Mechanics and Dynamics.
Stereochemical Quality .
Contact Analysis .
Structure Based Design
Structure Preparation
Visualization.
Active Site Detection .
Contact Potentials .
Ligand Docking.
MultiFragment Search
Molecular Modeling & Simulation
Molecular Builders .
Molecular Mechanics and Dynamics .
Implicit Solvent Electrostatics .
Molecule Alignment .
Polymer Property Prediction .
Diffraction Simulation .
Molecular Arts Corporation - We at Molecular Arts Corporation are dedicated to bringing you truly useful and affordable software for scientific and technical documentation. From technical clipart to multimedia presentations; from 2D chemical diagrams to molecular model building and 3D visualization, we have the tools that can save you time and money.
Molecules-3D : 3D Molecular Model Builder
Molecules-3D Pro : Professional 3D Model Builder
Add-Ons & Upgrades : Pump up the Power of M3D
Molecules 2000 : 3D Library of Important Molecules
Molecules-CD : 100,000 Molecular Models on CD
Pharma-CD : Giant 3D Library of Drug Molecules
Molecular and Cellular Modeling (MCM) group at EML Research  
LIGIN: Molecular docking using surface complementarity
TRAJAN: A Tool to Analyze Trajectories from Molecular Simulations
MolSurfer: 2D Maps to Navigate 3D Structures of Proteins and their Complexes
ADS: Analytically Defined molecular Surfaces
PIPSA: Protein Interaction Property Similarity Analysis
SDA: Simulation of Diffusional Association
ECM: Effective (potential derived) Charges for Macromolecules in solvent
Our scripts for protein pKa calculations with the UHBD program
Molecular Discovery Ltd. - MD develops software tailored for pharmaceutical companies. Our specialities are tools able to derive high quality 3D descriptors and to manage the data explosion in order to link Structure-Based Drug Design, Chemoinformatics and Bioinformatics.
GRID : Programme GRID is a computational procedure for determining energetically favourable binding sites on molecules of known structure.
VolSurf : VolSurf is a computational procedure to produce 2D molecular descriptors from 3D molecular interaction energy grid maps.VolSurf descriptors are specifically designed for the optimisation of in silico pharmacokinetic properties (IS-DMPK).
PENGUINS - PENGUINS is intended for virtual high throughput screening. This project emerged from AstraZeneca EST Lead informatics Molndal, and it aims at developing a FAST prediction tool based on 3D descriptors for passive permeability starting from 2D structures.
Molecular Knowledge Systems, Inc. - Molecular Knowledge Systems, Inc. is a leading provider of computer software for physical property estimation and molecular design.
Synapse - A molecular design system focusing on the generation and screening of new molecular structures. Unlike traditional molecular design software, Synapse automatically constructs new chemicals and predicts their macroscopic physical properties. A "lite version" will soon be available for download.
Cranium - A physical property estimation package capable of estimating over 20 physical properties. Simply draw your molecule’s structure or enter your mixture’s composition and Cranium will provide rapid and accurate estimates.
[U]Molecular Modeling Toolkit homepage[/U] - The Molecular Modelling Toolkit (MMTK) is a program library for molecular modelling applications. Its aim is to provide researchers, especially those working on the development of new simulation and modelling methods, with a code basis that can be easily extended and modified to deal with standard and non-standard problems in molecular modelling.
Molecular Networks - Molecular Networks GmbH (www.mol-net.com) provides multifaceted, innovative software to the chemical, biotechnology and pharmaceutical industry. The company’s suite of chemoinformatics applications covers many different areas including: handling of chemical information, design of new chemical entities and prediction of physicochemical and biological properties of chemical compounds. 
2DCOOR - coordinates generator for publishing quality 2D depictions 
ADRIANA - combination of the two packages. ADRIANA.Code and SONNIA to provide algorithms for the search, identification, and optimization of hits and lead structures
ADRIANA.Code - calculation of molecular physicochemical properties, autocorrelation of 2D interatomic distance distributions, RDF of 3D interatomic distances and RDF of distances between surface points 
C@ROL - data warehousing for 2D structures, multiple 3D conformations, and experimental information
CORINA - 3D structure generation
CORINA_F - CORINA interfaced to FlexX docking program
ROTATE - generation of ensemble of conformations
SONNIA - self-organizing neural network package
WODCA - synthesis design by retro-synthetic analysis
[U]Molecular Surface Package[/U] - MSRoll (This program reads a protein data bank atomic coordinate file and rolls a water-sized probe over the molecule. It writes a piecewise-quartic molecular surface, a dot surface and a polyhedral surface. ), MSDraw(This program renders and plots molecular surfaces.), MSForm(This program measures protein surface shape by solid angles. It also converts a polyhedral molecular surface to a solvent-excluded density in AVS format.)
[U]MOLGEN[/U] - The program system MOLGEN is devoted to the computation of all structural formulae (=connectivity isomers) that correspond to a given molecular formula, with (optional) further conditions (e.g. substructures).
MolIDE  - MolIDE is an open-source cross-platform graphical environment for homology modeling. It implements the most frequently used steps involved in modeling:
sequence search
secondary structure prediction
multiple-round psiblast alignments
assisted alignment editing (integrating a template viewer and secondary structure prediction)
side chain replacement
loop building 
Moloc  - Moloc is a molecular modeling package designed with emphasis on high interactivity.
MOIL (MOlecular dynamics at ILlinois) - MOIL is a molecular dynamics program available from the Computational Biology Tools page. The code was developed by Ron Elber, Adrian Roitberg, Carlos Simmerling Haiying Li, Gennady Verkhivker and Robert Goldstein, Other contributers that helped in testing, developing parameter sets and writing documentation: Danuta Rojewska, Chyung Choi and Alex Ulitsky.
MolScript - Official Homepage by Avatar Software AB, who develops, markets and distributes software for structural biology, protein NMR and bioinformatics (UNIX; free for non-profit, but license required).
[U]Molsoft[/U]   - MolSoft is a growing company that is devoted to the development of new software to aid in computational biology. Our ICM software uses the latest and most powerful algorithms to perform complex molecular manipulations and database interactions.
ICMLite : ICMlite has all the standard features of a robust molecular graphics program (CPK, solid ribbon, balls-and-sticks, wire, dot surfaces, coloring by property, etc). In addition, ICMLite supports many other features not offered by other programs, such as manual docking, interactive model building, perspective, interactive zoom, independent clipping planes, eight switchable and combinable image buffers, flexible secondary structure assignment, chemical bonds or topological trees, image annotation, multiple object loading and display, and selection of atom/residue/molecules by types and patterns.
ICM-Pro : ICM-PROcombines the power and utilities of ICM-Main , ICM-Dock , ICM-Bioinformatics , and ICM-REBEL , providing you with a package to fulfil all of your molecular manipulation needs, from sequence to structure to function.
XPDB : The XPDB is a database of all known proteins annotated in a form designed for rapid and accurate use with ICM.
MOL2MOL - Mol2Mol￠a recognizes, reads and writes about 50 different file formats and subformats. It contains a simple graphic display module to inspect the currently loaded molecule. It possesses some chemical intelligence for recognizing detailed atom types, hybridization and chemical environments, which is necessary for converting simpler formats (like X-ray crystallographic files) to more advanced ones, or when hydrogen atoms are automatically to be added to the heavy atoms. Problematic files can be corrected within Mol2mol or as ASCII files by calling directly your favourite text editor. 
MULTICASE - Multicase Inc. develop and license computer programs designed to help the user make a decision about the potential pharmacological activity, toxicity and metabolic transformations of chemicals. 
CASE
MCASE
CASETOX
ToxAlert
META
DEGR
MetaPC
KLOGP
Multivariate informetric analysis S.r.l. -  MIA is a small company producing and distributing scientific software. This embeds chemometric strategies and expertise devoted to solve complex chemical problems according to the philosophy developed at the Laboratorio di Chemiometria of the University of Perugia (Italy) by Prof. Sergio Clementi and Dr. Gabriele Cruciani.
GOLPE : GOLPE (Generating Optimal Linear PLS Estimations) is the state of the art chemometric toolbox for 3D QSAR.
ALMOND : ALMOND is a program specifically developed for generating and handling GRIND descriptors. These are a new generation of molecular descriptors with applications in QSAR, virtual screening, design of combinatorial libraries and in general in any field where a fast and accurate description of the molecular structure is needed.
Other  : Miscellaneous chemometric software.
[U]NAOMI[/U] - NAOMI is a computer program system for studying the three-dimensional structure of proteins at the atomic level.
NAMD - The Theoretical Biophysics group at the University of Illinois and the Beckman Institute would like to announce the availability the program namd, a new package for high performance parallel molecular dynamics simulations. This software is being made available to the structural biology research community free of charge, and includes the source code for namd, documentation, and precompiled binaries for various parallel platforms The documentation, in postscript form, includes a programmers guide and a users guide
O - O is a general purpose macromolecular modelling program aimed at the field of protein crystallography. It enables the scientist to model, build and display macromolecules. O is a graphical display program built on top of a versatile database system. All molecular data is kept in this database, in a predefined datastructure. However, any data can be stored in the database. For example, data produced by associated, standalone programs can very easily be stored in the database, and used by the program, for example for colouring of atoms.
Octet source - Octet is a new system of lightweight and interoperable molecular informatics components written in Java. Octet’s goal is to simplify the development of platform-independent molecular informatics applications.
OpenBabel - Open Babel is a project designed to pick up where Babel left off, as a cross-platform program and library designed to interconvert between many file formats used in molecular modeling and computational chemistry.
OpenEye Scientific Software - The goal of OpenEye is to provide tools to address the explosion of chemical data generated experimentally by focusing on those features which carry the most physical importance, i.e. electrostatics and shape of molecules, and which can be calculated at speeds sufficient for the analysis of large chemical libraries.  
OMEGA (Rapid conformaer generation),
ROCS (Shape matching and database search),
OELIB (Small molecule c++ class library),
FILTER (Graph based compound eliminaion tool),
ZAP (Poisson-Bolzmann electrostaics),
VIDA (Compound brower and GUI tool)
PASS online prediction   - It is possible with computer program PASS (Prediction of Activity Spectra for Substances), which predicts the biological activity spectrum for a compound on the basis of its structural formula.
PBPK.org - Physiologically Based Pharmacokinetic/Pharmacodynamic (PBPK/PD) Modelling Resources
Pharma Algorithms   - Developers of a comprehensive computational environment for the analysis and screening of candidate drug molecules.
QSAR Builder : The QSAR Builder computational environment enables researchers to generate and evaluate QSAR and QSPR models and develop qualitative structure activity relationships (C-SAR).
ADME/Tox Screens : ADME/Tox filters are rule-based algorithms that are tailored to handle drug-like compounds, process up to 100,000 compounds in minutes, are delivered as open-concept, "look-inside" logical trees, can be refined, updated and customized with your data
Algorithm Builder : Algorithm Builder (AB) is a software system for building QSAR, QSPR and SAR models and converting these to custom (in-house) predictive algorithms.
[U]PMD (Scalable Parallel Molecular Dynamics Simulation) Home Page[/U] - PMD is a scalable, parallel program for the efficient simulation of the molecular dynamics of biological macromolecules. PMD utilizes the Greengard/Rokhlin Fast Multipole Algorithm to allow the simulation of very large biological macromolecular systems without sacrificing the important long-range Coulomb interactions. PMD is suitable for high powered parallel supercomputers as well as for single workstations and desktop PCs.
PovChem - PovChem combines chemistry and raytracing to create high quality graphics of molecular models.
[U]POLYRATE Home Page[/U] - Polyrate is a computer program for the calculation of chemical reaction rates of polyatomic species (and also atoms and diatoms as special cases).
PowerMV - A software environment for statistical analysis, molecular viewing, descriptor generation, and similarity search. 
[U]PreADMET[/U] - PreADMET is a web-based application for predicting ADME/Tox data and building drug-like chemical library using in silico screening method. 
Molecular Descriptors Calculation : This program can calculate over 60 molecular descriptors including constitutional, topological, physico-chemical and geometrical descriptors for ADME prediction.
Drug-Likeness Prediction : This program can predict drug-like and lead-like compounds for HTS and Comb.Chem. Library design. The Lipinski’s rule(Rule of Five[/I]) and Lead-like rule are used for this prediction.
ADME Prediction : This program can predict permeability of Caco-2 cell, MDCK cell, BBB(blood-brain barrier), HIA(human intestinal absorption), Plasma protein binding and skin permeability using artificial neural network with back-propagation method.
Princeton Simulations - software that helps chemists determine the 3-D structures of molecules.
[U]PROCHECK[/U] - ProCheck Checks the stereochemical quality of a protein structure, producing a number of PostScript plots analysing its overall and residue-by-residue geometry. - Operating Manual
PROSPECT - PROSPECT (PROtein Structure Prediction and Evaluation Computer Toolkit) is a threading-based protein structure prediction system. PROSPECT is designed particularly for the recognization of the fold template whose sequence has insignificant homology to the target sequence.
Protein Library  - The Protein Library (PL) is a highly extensible library written in C++ that provides a general toolkit to perform a wide range of protein structure and sequence calculations. The PL can be accessed using either a class interface encapsulated in a protein object or a procedural API which enables calling the PL from programs written in languages such as C, Python and Perl. The PL is distributed under the GNU Library License (LGPL), and it has been written by Andrés Colubri at the University of Chicago.
[U]Protherics[/U] - Protherics is a biopharmaceutical company with a balanced portfolio with products in niche markets which have the potential to generate revenue in the near term, and exciting high value products in development.
PTViz - PTYjz is macintosh program for illustrating the organizing principles for the periodic table. Select elements, graph properties, and print tables.
QCPE  - QCPE promotes the practice of computational chemistry by gathering and distributing computer software for chemistry and related fields. QCPE holds approximately 772 computational chemistry systems, programs, and routines. Most programs are available in source code, and QCPE holds many of its programs in several versions for most popular computer platforms. These programs can be ordered from QCPE for a nominal distribution fee.
RosettaDock   - RosettaDock predicts the structure of a protein-protein complex from the individual structures of the monomer components. 
[U]Sadtler Software/database[/U]  - KnowItAll￠a offers a fully integrated environment for analytical techniques, such as IR, 1 H and 13 C NMR, UV/Vis, GC, MS, Raman, and NIR. KnowItAll offers one, simple and completely unified interface, so you can easily transfer information from plug-in to plug-in without having to leave the main interface or open another program!
KnowItAll Analytical System
HaveItAll￠a NMR
HaveItAll￠a IR
HaveItAll￠a MS
IR Databases
NEW Food Additives Database
Sadtler News Center
[U]Schrodinger, Inc. Homepage[/U]  - Schr?dinger, Inc. has as its goal the development and commercialization of groundbreaking new algorithms and software that will place its customers on the leading edge of computational chemical science. Schr?dinger’s fundamental rationale is a commitment that all of its products have quantitative and qualitative performance advantages in computational efficiency and chemical accuracy over competing products in the same class. 
Glide - our extremely fast ligand docking program
Impact - our latest molecular mechanics software package
Jaguar - our extremely fast ab initio software package
Liaison - accurate binding affinities between receptors and ligands
MacroModel - the most trusted name in molecular modeling
Maestro - our state-of-the-art graphical user interface
Mopac 2000 - the giant-molecule semiempirical software package
QikProp - rapid ADME characteristic predictions of drug candidates
QSite - our mixed mode QM/MM software package
Titan - the power of Jaguar and the convenience of Spartan in one integrated package
SciMetrics - A Division of Harrow Enterprises Pty Ltd, Victoria, Australia.
SciPredict - SciPredict uses models formed from large data sets by use of Bayesian regularized neural networks together with various descriptors
SCOP - Structural Classification of Proteins. Nearly all proteins have structural similarities with other proteins and, in some of these cases, share a common evolutionary origin. The scop database, created by manual inspection and abetted by a battery of automated methods, aims to provide a detailed and comprehensive description of the structural and evolutionary relationships between all proteins whose structure is known. As such, it provides a broad survey of all known protein folds, detailed information about the close relatives of any particular protein, and a framework for future research and classification.
SDL  - Software Development Lohninger, Chemometrics Consultants, Software Developers Vienna, Austria, Europe
DataLab : A program for statistical data analysis
Teach/Me : A web-based interactive teaching and learning environment for statistical data analysis
INSPECT : A program system for scientific and engineering data analysis
CLUSTER : A program to perform a cluster analysis
APPLICAT : Application of multivariate models to real world data
RANDGEN : A configurable random number generator
TOPIX : A program for the calculation of descriptors of chemical structures
ISEFOSS : A program to search for similar structures in a chemical structure database
MSLIB : A mass spectral data base system with emphasis on substructure search
[U]Semichem[/U] - Provider of Solutions for Computational Chemistry (Semiempirical Quantum Mechanics, Quantitative Structure/Activity Relationships (QSAR), High Quality Graphics for Input and Visualization)
AMPAC With Graphical User Interface : AMPAC is Semichem’s flagship product and is a fully-featured semiempirical quantum mechanical program. It also includes a grahical user interface (GUI) that builds molecules and offers full visualization of results.
CODESSA : CODESSA is an advanced, fully featured quantitative structure/activity relationship (QSAR) program that ties information from AMPAC, MOPAC and Guassian 98 with experimental data.
[U]Serena Software[/U] - molecular modeling software for personal workstations
PCMODEL Basic Molecular Modeling with powerful yet flexible builder and best small molecule force field available.
GMMX Conformational searching in both dihedral and cartesian space using the MMX force field.
Mopac Defacto standard semi-empirical quantum chemistry program.
Orbdraw Visualize orbitals and electron density for Mopac, Ampac, Gaussian and PSGVB.
Vibrate Visualize normal vibrational modes from Mopac, Ampac, Gaussian, Hondo and PSGVB calculation.
NMR Simple nmr simulator for up to eight spins. Output is a high resolution spectrum.
SimBioSys - SimBioSys Inc is focused on research and software development in the area of biomolecular modelling. The company provides interactive visual computing and modelling solutions for the biomolecular sciences.
MoDeST? - Molecular Design Software Toolkit
CheVi? - Chemical Visualizer Toolkit
SPROUT  de novo ligand design software, and
CLiDE   Chemical Literature Data  Extraction software
Simulation plus, Inc. - Simulations Plus, Inc. is the leading developer of Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion and Toxicity (ADMET) neural net and simulation software for the pharmaceutical and biotechnology industries today.
GastroPlus : GastroPlus￠a is an innovative computer simulation program that predicts the dissolution, transit, and absorption of drug material in the gastrointestinal tract. 
QMPRplus : QMPRPlus￠a is an advanced computer program that enables pharmaceutical researchers to estimate ADME properties (such as permeability, solubility, lipophilicity, diffusivity, etc.) of new chemical entities (NCE’s) from their molecular structure. Estimates are quickly produced interactively via a graphical user interface or in a batch mode.
STING (Columbia Univ.) - A tool for the simultaneous display of information about macromolecular structure (in STING’s Graphics Frame) and sequence (in STING’s Sequence Frame). Special attention is given to MacroMolecular INTERFACE analysis
TALETE - TALETE is a small Italian company working in chemometrics, data mining, experimental design, Quantitative Structure-Activity Relationships (QSAR), molecular chemometrics, molecular descriptors, experimental design, multicriteria decision making and ranking methods.
Dragon - Dragon is an application for the calculation of molecular descriptors. These descriptors can be used to evaluate molecular structure-activity or structure-property relationships, as well as for similarity analysis and high-throughput screening of molecule databases. 
MOBYDIGS - MobyDigs is a software package for the calculation of regression models by using genetic algorithms for variable selection to obtian an optimal subset of predictive models. MobyDigs is now available. 
TCPE - calculate online properties like critical properties, vapor pressure, density, surface tension, heat capacity, viscosity, ... just by entering the SMILES string of your compound
[U]THREADER 2 Homepage[/U] - THREADER2 is a program for predicting protein tertiary structure by recognizing the correct fold from a library of alternatives. Of course if a fold similar to the native fold of the protein being predicted is not in the library, then this approach will not succeed. Fortunately, certain folds crop up time and time again, and so fold recognition methods for predicting protein structure can be very effective.
[U]TINKER Molecular Modeling[/U] - The TINKER molecular modeling software is a complete package for molecular mechanics and dynamics of molecules, especially polypeptides. TINKER has the ability to use any of several common parameter sets, such as AMBER/OPLS, CHARMM22, MM2, MM3, AMBER-95, ENCAD, MMFF-94, MM4 (last 3 in progress) and our own TINKER set.
[U]ToPLign Homepage[/U] - Threading by Recursive Dynamic Programming [RDP] and Easy ToPLign Fold Prediction servers
TOPS (Dept. Biochemistry and Molecular Biology, Univ. College London) - Generates protein topology cartoons. Places circles and triangles depicting alpha-helices and beta-strands respectively giving a pictorial topological summary of any protein structure.
[U]Trinity Software - Chemical Education Software[/U] - programs for chemistry, life science, and speech a nd communication . Program titles include curriculum supplements and resear ch tools for both PC and MAC computers.
[U]Tripos HomePage[/U]  -Tripos is a leading provider of discovery research software and services to pharmaceutical, biotechnology and other life sciences companies worldwide.
Molecular Modeling and Visualization  : SYBYL/base | Advanced Computation | MM2 (’91) | MM3 (2K) | AMPAC | MOLCAD | Confort
Chemical Information Systems  : UNITY | CONCORD | Molconn-Z | StereoPlex | ChemEnlighten | Commercial Databases
AUSPYXTMData Cartridge for Oracle?
Macromolecule-Based Drug Design : Biopolymer | SiteID | FlexX | CScore | LeapFrog
Structure-Activity Relationships & ADME : QSAR with CoMFA | Advanced CoMFA | Distill | HQSAR | ClogP/CMR | VolSurf
Combinatorial Chemistry & Molecular Diversity : Legion | CombiLibMaker | Selector | DiverseSolutions
Structural Biology and Bioinformatics : Composer | ProTable | GeneFold | Matchmaker
NMR Analysis and Structure Generation : TRIAD | CAPRI | MARDIGRAS+ | DYANA
Desktop Modeling and Data Analysis : Alchemy 2000 | SciPolymer | SciProtein | SciQSAR
[U]UCSF MidasPlus[/U] - Molecular Display and Simulation System
[U]UniChem[/U] - The UniChem environment is a complete, easy-to-use molecular modeling package that provides a single, graphical interface to a variety of powerful quantum mechanics programs. Researchers may easily apply advanced theoretical methods to complex molecular systems such as pharmaceuticals, proteins, agrochemicals, catalysts, and materials
UNIMOL - This directory contains Fortran code, sample input and sample output for the UNIMOL package. Theory for use of the programs is described in the text "Theory of Unimolecular and Recombination Reactions" by R G Gilbert and S C Smith, Blackwell Scientific Publications, Oxford (UK) and Cambridge (Mass.), 1990. The manual is in the doc/ directory.
[U]Uppsala Software Factory[/U] - Software and Resources for Macromolecular Crystallography and Structural Biology (Gerard J. Kleywegt)
Upstream Solutions - Upstream Solutions develops software for scientists working in the chemical and pharmaceutical industries. To satisfy the customers needs we provide standard products as well as customized solutions. The major goal of our products is to create answers and solutions from raw instrument output.
Prediction of Spectra : Prediction of 1 H-NMR and 13 C-NMR shift values based on additivity rules with outstanding quality
Prediction of Lipophilicity :TLogP estimates logarithmic octanol/water partition coefficients (log Kow) of uncharged organic compounds. Fully functional demo.
SpecTool : The well known, comprehensive knowledge base for structure elucidation and organic spectroscopy
Assemble : Sophisticated structure generator for high end structure elucidation
Check of Consistency : Automatically answers the question whether a given structure and a spectrum are mutually consistent
Ranking : Automated assignment of measured spectra to the appropriate molecules
Vigyaan  - Vigyaan is an electronic workbench for bioinformatics, computational biology and computational chemistry.
Wavefunction, Inc.  - Wavefunction is committed to provided the best and most affordable Molecular Modeling Programs and related tools for Industry and Academia.
Spartan’02 Linux
Spartan’02 Unix
PC Spartan Pro
PC Spartan Plus
Mac Spartan Pro
Mac Spartan Plus
Titan
Cambridge Structure Database
SpartanView
WebMO - WebMO is a World Wide Web-based interface to computational chemistry packages. WebMO is available for free and can be installed on nearly any unix or Linux system.
WPDB for Windows - PDB 100 Meg Protein Database for Windows. 100 Random structures zip file included.
X-SITE - X-Site is a programme for describing preferent interactions surrounding a protein, based on protein protein sidechain packing analysis.
ZyxBio 
OraSpotter - OraSpotter￠a was developed based on the molecular features of drugs and a mixing tank model of the gastrointestinal tract.


转载本文请联系原作者获取授权，同时请注明本文来自王钰科学网博客。
链接地址：https://blog.sciencenet.cn/blog-2333-4482.html

上一篇：用代理查文献入门提高完全版
下一篇：如何有效的阅读文献