对科研人员的科研工作进行评价，是每个国家都要做的事，不然就不会有教授、副教授或助理教授的职称之别了。在中国国内，不少大学或科研单位常常简单的将论文水平作为评价科研人员工作的主要标准，记得90年代有的学校就奖励每篇SCI论文1万元,近年来又加上了影响因子。职称或博导硕导资格的评定也离不开论文。这些唯论文为上的科研工作评价体系，其直接的结果为：1）导致了国内论文成灾，还有不少是造假论文，不仅浪费了大量的科研资源，还污染了学术环境，2）导致了中国已成为世界第二论文大国，却不是科研强国的尴尬局面；3）不少科研人员找窍门发论文，如同样一个信号转导途经的研究在胃癌方面写了篇论文,换个肿瘤在脑癌又发了一篇论文,最后发了不少论文，甚至也有不少高水平论文，但在国际学术界没有获得应有的认可或学术地位。究其根源，就是国内科研评价体系过度重视论文而忽视科研水平的评价，或者把科研水平和论文水平混为一谈。
     在往下讨论之前，首先来看看如何界定科研水平（详细见我的博文《你的科研在哪个档次》。科研水平由高到低分为：1）开创性的研究：这类研究通常没人做过，其成果可开创一个对人类影响重大的领域。2）发展性的研究：已经有人开始了这方面的研究，但刚起步，而且许多方面未弄清楚。3）跟踪性研究：在已有的发展性研究的基础上，更加深入和细化。它们支撑着开创性和发展性研究的进一步深化。 4）验证或重复性的研究：这类研究多在他人的基础上重复或验证他人结果的正确性。
     再来看看如何界定论文水平（详细见我的博文《寻找自己论文数量和质量的平衡点》）。以影响因子（IF）来判断论文水平，在同一专业还可以比较，在不同专业就没有可比性了。热门专业的杂志IF比较高，冷门专业IF则较低。因此，以杂志的级别来衡量论文的质量比较合理些。论文的水平可分为：A）顶级杂志论文：如Cell, Nature, Science (CNS)系列杂志；B）一流杂志论文：如《PNAS》、《GENES & DEVELOPMENT》，《JCI》等 ；C）本专业一流杂志论文，比如肿瘤专业的《Cancer Research》、生化专业的《JBC》，《MCB》，病理专业的《AJP》等；D）本专业较好杂志论文，如肿瘤专业的《Carcinogenesis》；E）低水平杂志论文。
     论文水平和科研水平的关系：1）论文水平与科研水平是有关联的。高水平的论文更强调论证严谨和论据的充分、结论的可靠性，以及良好的论文写作技巧。经过同行评议的科研论文的发表，能反映作者的科研能力。如果没有一定的科研能力要做出高水平的科研是很困难的。这也就为什么常有些民间“科学家”号称发现了什么“定律”。由于这些人没有基本的科研能力，所得出的结论往往经不起严格的科学推敲。2）论文水平不完全等同科研水平：由于论文的水平更取决于论据的充分程度，而科研的水平强调创新的程度。因此论文的水平不能等同于科研水平。我们可以到顶级杂志CNS上查以一下所发表的论文，多数属于发展性和/或跟踪性的研究，真正的开创性研究极少。创新性很强的研究即高水平的科研也可能发表不了高水平论文，最典型的例子是1993年获诺贝尔的成果--多聚酶链式反应（PCR）的原始论文，最初被顶级杂志拒稿，最后发表在一个名不见经传的杂志《Methods Enzymol》（IF=1.904）。其原因可能是开创性研究因为太新不易被编辑和审稿人接受或者是由于可参考的资料太少，无法把实验结果做得足够完美。
     科研的最高层次是既能发表高水平的论文,又能做出高水平的开创性的科研。不过，这只有极少数天才科学家能做到。比如，2009年因端粒酶的研究成果而获得诺贝尔奖的Carol W. Greider,她的论文多在CNS或PNAS杂志上发表。对于大多数科研人员来说，也许他（她）们发表的论文档次一般（比如发表在本专业领域较好杂志），但如果他们数年如一日在某个方向持之以恒的研究下去，就可能在国际上成为这个领域的权威。在当今中国浮躁的科研环境下，非常需要一大批这样的科学家。
     总之，我认为对于刚入门的科研人员如博士生或博士后研究人员的科研工作评定主要依据论文水平来确定是可以理解的，这个时期的科研人员尚需要导师的指导，无法开辟自己的研究方向。论文的质量能反映其科研的能力和潜力，而数量则代表其工作量或工作努力程度。不过论文发表的水平应受到PI的把关。
     对有自己实验室的PI 来说，科研水平应该是他们的主要评价标准。通过高质量公平公正的同行评议,根据一系列论文来评定其科研创新性的层次、成果的应用价值或理论意义，以及在国际学术界的影响力或学术地位等,以此来鼓励科学家静下心来对一个问题进行深入系统的研究,而不是为了发论文而打一枪换一个地方。