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被打假的“阴阳基因组”到底是个什么东东？
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有网友看了我昨天博客后去调查，发现我没有再去做被方舟子打假了的“阴阳基因组”方面的工作了，所以得出结论是方舟子打假是对的，我应该感谢他。
那么，在下任何结论以前，我们不妨先看看我十年前想做的到底是什么工作：
（1）为什么做？
当时(10年前）的背景是人类基因组工程的测序部分接近尾声，科学家们在兴奋之余最先想到的是如何把基因组信息派上用场？测序仅仅是万里长征走完的第一步，更重要的问题是“功能基因组”，是了解基因之间是如何作用的，他们在不同功能状态下的相互作用。尤其是在疾病和正常状态下基因表达方面的不同。我一直遗憾没有机会参与到基因组这个宏伟的项目中去，觉得生不逢时，于是也想做些事情。
但是，如何找基因之间的关系？如何有效地记录下来实验观察到的基因之间的关系？如何使一个实验室的结果能和另一个实验室的结果进行比较？如何更简便有效地分析众多基因之间的关系？
“假设上帝是一个写电脑程序的程序员，基因组是“他”写的一个运营电脑（人体）的操作程序，而科学家则是想学习上帝是如何编程的，那我们该从那里入手？“ 这些是我当时想的问题。
（2）如何做？
具体做法如下图所示：
有实验和理论两个方面。实验方面，用基因表达芯片来做不同功能状态下，不同组织中，每个基因的表达图谱。知道什么基因在那些组织的什么功能状态下有表达和表达的量，和变化情况。另一方面，阅读大量的文献，教科书，综述，和论文。
最终的目的是建立一个做data mining 的数据库。把细胞的组织功能和功能状态按照传统中医的阴阳概念先分类（比如生长为阳，凋亡为阴；分裂为阳，分化为阴；表达量上升为阳，降低为阴等等）。等把所有基因在不同功能状态下的阴阳定义做好了，电脑程序可以让我们做很多模拟。比如在细胞凋亡过程中，都有那些基因是促进这个过程的？那些基因参与阻碍这 个过程？一个按键就一目了然。
我把自己关在一个小房间里读了大半年的书，包括信号传递，细胞凋亡，细胞周期调控，分子肿瘤，分子免疫，生化代谢途径等等。墙上也挂满了各种图。正天想的也都是基因分类的事。
阴阳概念之所以适用，是因为它是一个动态的概念，一个基因，在一个组织或功能状态下可能被分成阴，而换一个组织或者环境可能就是阳了。
（3）有什么意义？
阴阳基因组是一个思维工具，是一个数据库，是把现代生物学，分子生物学，信息技术和中医古老的概念结合的一个机会。当初国内“中医现代化”的呼声很高。我认为，中医现代化的方法之一就是更多地引进西方的先进的技术和方法来充实中医的内容。同时，阴阳基因组还能起到一个向西方科学家介绍中医的作用，用西方科学家懂的分子生物学语言，用阴阳学说简单明了的分类方法，增进文化和科学的交流。
Data mining 的过程可能开发出诊断产品，帮助提高中医的现代化水平，也可能对中药（和西药）的研制提供新的理论依据。
（4）为什么不做了？
没有继续做下去说白了是没有资金。的确，当初我回国交流的目的是想找钱。所有科研和开发都离不开经费。这没有什么不对的地方。因为做大量的基因表达图谱需要的芯片很贵，而且我那不争气的肚子还总是饿，（不但我肚子饿，老婆孩子的肚子也饿！）。加上方大侠一声大喊“假的！” 也只要放弃了。
创新就是“隔行剽窃”， 把中医的阴阳概念“偷过来”作为功能性基因组数据库分析的工具不能说不是一个很新颖的想法。不管怎样，我一个没有什么名气，也很愚笨的人把自己关在房间里用了大半年功去读书，光买书的钱就花去不少，结果让人一棍就打死，换成你，你如何想？ 退一百步，就算它是一个学术上完全没用的东西，连“百家争鸣”一下的机会都不能有吗？如果你是专心做学问的，别人说你做的分文不值，你如何想？
还好我最后还是作成了一些事情，没有浪费人生的宝贵时间。的确，我后来的工作（开发多重PCR分子诊断技术）可能要比”阴阳基因组“更有意义些，但是（请原谅）我还是不能诚心诚意地感谢FZZ的打假。因为我很难把这份功劳记到别人的帐上。
有网友认为“那些受到方舟子挑战的人，如果往好的方面想，用比较职业的眼光看问题，可能会学到有用的东西，很遗憾，大家都是往负面去想”。我同意这个讲法，不过“挑战”这个字不大准确，因为我当时得到的似乎是“判刑”。
扼杀一个还在萌芽阶段的新事物，一个丑小鸭，或者一个你用辛劳汗水浇灌的树苗，然后说：“你应该感谢我，是我的英明决定给你省了以后伺候它的时间和精力，而且‘它’长大以后一定不是好东西！” 这样的逻辑你能接受吗？
休战牌：请各位打假人士住手，我已经挨过打了，现在只是揉揉痛处，绝不敢出手。而且我连远房亲戚里也没有会使锤的。如果你认为阴阳基因组是个没用的东东，那您一定是对的，不存在的当然是不必要的。
https://blog.sciencenet.cn/blog-290052-368353.html
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那么，在下任何结论以前，我们不妨先看看我十年前想做的到底是什么工作：
（1）为什么做？
当时(10年前）的背景是人类基因组工程的测序部分接近尾声，科学家们在兴奋之余最先想到的是如何把基因组信息派上用场？测序仅仅是万里长征走完的第一步，更重要的问题是“功能基因组”，是了解基因之间是如何作用的，他们在不同功能状态下的相互作用。尤其是在疾病和正常状态下基因表达方面的不同。我一直遗憾没有机会参与到基因组这个宏伟的项目中去，觉得生不逢时，于是也想做些事情。
但是，如何找基因之间的关系？如何有效地记录下来实验观察到的基因之间的关系？如何使一个实验室的结果能和另一个实验室的结果进行比较？如何更简便有效地分析众多基因之间的关系？
“假设上帝是一个写电脑程序的程序员，基因组是“他”写的一个运营电脑（人体）的操作程序，而科学家则是想学习上帝是如何编程的，那我们该从那里入手？“ 这些是我当时想的问题。
（2）如何做？
具体做法如下图所示：
有实验和理论两个方面。实验方面，用基因表达芯片来做不同功能状态下，不同组织中，每个基因的表达图谱。知道什么基因在那些组织的什么功能状态下有表达和表达的量，和变化情况。另一方面，阅读大量的文献，教科书，综述，和论文。
最终的目的是建立一个做data mining 的数据库。把细胞的组织功能和功能状态按照传统中医的阴阳概念先分类（比如生长为阳，凋亡为阴；分裂为阳，分化为阴；表达量上升为阳，降低为阴等等）。等把所有基因在不同功能状态下的阴阳定义做好了，电脑程序可以让我们做很多模拟。比如在细胞凋亡过程中，都有那些基因是促进这个过程的？那些基因参与阻碍这 个过程？一个按键就一目了然。
我把自己关在一个小房间里读了大半年的书，包括信号传递，细胞凋亡，细胞周期调控，分子肿瘤，分子免疫，生化代谢途径等等。墙上也挂满了各种图。正天想的也都是基因分类的事。
阴阳概念之所以适用，是因为它是一个动态的概念，一个基因，在一个组织或功能状态下可能被分成阴，而换一个组织或者环境可能就是阳了。
（3）有什么意义？
阴阳基因组是一个思维工具，是一个数据库，是把现代生物学，分子生物学，信息技术和中医古老的概念结合的一个机会。当初国内“中医现代化”的呼声很高。我认为，中医现代化的方法之一就是更多地引进西方的先进的技术和方法来充实中医的内容。同时，阴阳基因组还能起到一个向西方科学家介绍中医的作用，用西方科学家懂的分子生物学语言，用阴阳学说简单明了的分类方法，增进文化和科学的交流。
Data mining 的过程可能开发出诊断产品，帮助提高中医的现代化水平，也可能对中药（和西药）的研制提供新的理论依据。
（4）为什么不做了？
没有继续做下去说白了是没有资金。的确，当初我回国交流的目的是想找钱。所有科研和开发都离不开经费。这没有什么不对的地方。因为做大量的基因表达图谱需要的芯片很贵，而且我那不争气的肚子还总是饿，（不但我肚子饿，老婆孩子的肚子也饿！）。加上方大侠一声大喊“假的！” 也只要放弃了。
创新就是“隔行剽窃”， 把中医的阴阳概念“偷过来”作为功能性基因组数据库分析的工具不能说不是一个很新颖的想法。不管怎样，我一个没有什么名气，也很愚笨的人把自己关在房间里用了大半年功去读书，光买书的钱就花去不少，结果让人一棍就打死，换成你，你如何想？ 退一百步，就算它是一个学术上完全没用的东西，连“百家争鸣”一下的机会都不能有吗？如果你是专心做学问的，别人说你做的分文不值，你如何想？
还好我最后还是作成了一些事情，没有浪费人生的宝贵时间。的确，我后来的工作（开发多重PCR分子诊断技术）可能要比”阴阳基因组“更有意义些，但是（请原谅）我还是不能诚心诚意地感谢FZZ的打假。因为我很难把这份功劳记到别人的帐上。
有网友认为“那些受到方舟子挑战的人，如果往好的方面想，用比较职业的眼光看问题，可能会学到有用的东西，很遗憾，大家都是往负面去想”。我同意这个讲法，不过“挑战”这个字不大准确，因为我当时得到的似乎是“判刑”。
扼杀一个还在萌芽阶段的新事物，一个丑小鸭，或者一个你用辛劳汗水浇灌的树苗，然后说：“你应该感谢我，是我的英明决定给你省了以后伺候它的时间和精力，而且‘它’长大以后一定不是好东西！” 这样的逻辑你能接受吗？
休战牌：请各位打假人士住手，我已经挨过打了，现在只是揉揉痛处，绝不敢出手。而且我连远房亲戚里也没有会使锤的。如果你认为阴阳基因组是个没用的东东，那您一定是对的，不存在的当然是不必要的。
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