中医和西医的区别首先是哲学思想不同。如果可以概括的话，西医是形而上学哲学，中医是辩证哲学。在哲学史上，西方的哲学家一度把辩证哲学称之为东方哲学。
形而上学的哲学首先要求实证。因为形而上学认为，一切结果必定有其原因；只要这个原因找到了，这个结果就可以重现。因此形而上学承认的是完全确定性。
辩证哲学也承认原因和结果的关系，但认为原因和结果的关系并不是完全确定的，特别是在复杂系统中原因和结果并不总是一一对应的，人们对这种关系的认识不总是完整、正确的，因此不可能完全重现。也就是说，辩证哲学不承认完全的确定性。
在医学思想上，西医主张的恰恰是完全确定性，也就是可以从人体的组成完全可以确定人体疾病的根源，因而可以有针对性地实施治疗。中医则主张需要从人体的全局认识疾病，而且采取的治疗措施不仅仅因病而异，还因人、因时、因地而异。
中医和西医哲学基础的不同形成了两者科学基础的差别。
形而上学哲学在当代科学中占据了统治地位。可以说，现代科学大厦完全是建立在形而上学的哲学基础上的。科学的发展同时也极大地巩固了形而上学哲学思想。这种影响主要体现在当代科学对人的思维及其方式的影响。这就是通常所说的“科学思维方式”。
然而，辩证思维则没有得到相应的发展，在认识自然、人类、社会等各个方面都没有做出相当清晰且普遍接受的理论及其技术。换句话说就是，辩证思维还缺乏科学、技术的支撑。这就使得以辩证哲学为基础的中医显得和当代科学不能完全相容。
正是由于辩证哲学的这种不完整性和不科学性，决定了中医在解释人体结构和疾病上的无能为力。为了能够总结和发展，中医借助了神灵等超自然力量。在中医理论建立和完善的时候，这些超自然力量恰恰在人们的意识形态中占据着统治地位。这样一来，中医就被蒙上了一层神秘，或者说是迷信的色彩。
中医现代化的任务显然不能简单归结为科学化，也就是说不能简单地用形而上学的哲学改造中医。
中医现代化目前最迫切的主要任务之一，是把中医的迷信外衣脱下来，尽可能地作出非超自然的解释，实在作不出非超自然的解释也不要勉强。
中医现代化的另外一个迫切任务就是总结中医治疗经验，能够切切实实地治病救人。中医始终面对的都是数量很小的病人，中医的传承也始终依靠是师徒、家族关系。只是到了中华人民共和国成立后才有了较大规模的中医学校和中药药厂。这些中药学校和中药药厂在这些年中和其它事业一样，也经受了各种各样的干扰。显然，中医还没有能力和已经经过100多年大规模发展的西医相抗衡。不能企图通过短短几年，或者十几年的中医现代化努力就使中医成为西医的替代。目前可以作的只能是实实在在地总结中医和中药的成绩，解决好因规模扩大而面临的种种问题，从而使它健康的生存下去，并得到适当的发展。
我认为，把这两个任务完成好，就是了不起的中医现代化。
－－－－－本人于2006.10.29发表在新华论坛的言论