好久没上来写东西了，最近有点小忙~ 总算得闲，过来舒舒。

嗯，最近呢，结构修的差不多了，接下来就看生化喽，虽然生化现在正在遭遇瓶颈~~ 也还是要加油啊~~

说到生化呢，现在有一问题要咨询各位大侠，有没有人做过PA01的基因敲除啊，现在很迷茫的说，对于要用的载体啊，抗性基因来源啊，培养方法啊什么的都很have no clue~~ 盼有人提供点意见，哪怕是告诉一下去哪里查到系统的资料也好啊~~

提前谢过各位~~

然后嘞， 是关于结构修正的，不是说前一段老phenix一修R-Free就升高嘛， 后来有尝试过NCS修正和加水修正。NCS 修呢，r-factor整体会比没有加NCS 要高，所以abandon啦。后来加水修正之后好多啦；然后又把水删掉，用CNS做了一下模拟退火，现在除了一个所有链都有的outlier已经基本没事了，再加上水就可以了。

关于加水呢，有两种方式，一种是用phenix加水，另一种是用cns加水。phenix修正加水会使rfree 稍升高，CNS 加水的功能又不如phenix强大。有一种compromise呢是用phenix只加水，不修正。不过我看了phenix tutorial 也没有发现那个命令~~ 各位大侠有没有知道的啊？ 据我们老板说可以编辑phenix命令脚本里面的macro-molecule等于0 可是我不知道怎么看那个脚本~~ 求教各位~~

quesitions ARE :

1. PA01 敲除的clue？

2。 phenix 只加水，不修正如何达到？

感谢指教！！

转载本文请联系原作者获取授权，同时请注明本文来自陈颖科学网博客。
链接地址：https://blog.sciencenet.cn/blog-385747-342987.html

上一篇：recently
下一篇：结构生物学的明天将往何处去呢？