本文主要总结一下最近这几天进行结构修正时遇到的问题和用到的的小tips：

1. 前面说过，结构是N聚体的话看拉氏构象图上红点的位置太多，很乱，希望可以每条链单独看。不知有什么办法。

 一个小tips就是用VIM把pdb截成单链，分别打开修正。这样拉氏上就会只显示一条链的红点了。

这样的问题就是，如何再合并呢？这有一个命令，是一个师姐传授的 哈哈

cat a.pdb b.pdb > c.pdb 命令的意思就是 把a和b合并，并将合并后的pdb命名为c。

2. 有些结构在某些残基处密度特别乱，如果这个结构是N聚体，可以挑密度最好那条链如A chain的位置修，修完了之后别的链全都照着A的样子修，照葫芦画瓢，这样八成修出来都是对的。

这时候照着修有2种办法：

（1）在coot中将两条链进行ssq最小二重叠合，然后在密度上将不好的链的氨基酸手工拉到与good chain一致的位置上，不用管当时看着多么乱，只要每个氨基酸残基的位置都放对了就行。然后从2个包含了这段乱序列的远端正确氨基酸处进行 是空间修正。 这样立马就会有magic。

（2）在2个coot中分别打开要修的文件，一个放到good chain 修好的位置，另一个放到要修的chain的位置，然后把他们摆到一模一样的空间位置，然后观察好的和坏的的区别，照样依葫芦画瓢。 这样其实就是人在做电脑的工作，不过还是蛮锻炼人的空想象力的。

之所以会有第二种推荐，是因为做superimpose的话可能会产生分子的坐标位问题。还要与相位正确的model再叠合一次，回到原来相位。不做好备份的话，搞不好会丢失正确的结构。（2）的话很锻炼人，就是有点费时间。

3. 有的时候就差肽键的方向不对，应该反过来，但是旋转残基的方向想象力达不到，可以选择先将那个取向不正确的氨基酸删除，然后重新加上ala再突变，有可能会以正确的构象加上去~

4. 依然遗留的问题是： 为什么有的时候用backbone修正只要动一点点就可以达到蓝点，却总是转了之后一实空间修正久回去为红点呢？据说这时要修好之后在下一步phenix.refine的时候exclude 那样的残基，不然refine完了又回去了。各位大师有没有知道 在phenix refine的时候exclude 某些位点的命令的啊？

先这些吧，待续。。。 ^_^

现在外面下了好大的雨啊~~

把连续的5,6个乱七八糟的残基塞回密度的感觉真是爽啊，哈哈。所以跟大家share一下~