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Open A Talk between FreeSurfer and MATLAB

已有 8695 次阅读 2010-4-5 03:01 |个人分类:MATLAB|系统分类:科研笔记| MATLAB, 神经科学, 大脑, 计算模型

今天续些Open A Talk系列:看看如何进行Freesurfer和MATLAB之间的数据读写。在你的freesurfer的安装目录下有一个matlab目录,程序代码就在那里,我只演示最简单的读写,更复杂的功能,是决定于你想做什么,大部分的需求都能满足,自己多读读那些m文件就行。

1、如何读入surface数据到matlab:
#-----------Start----------------------
%% This is a test script for loading mgh surface data.

function [volRSFC, volTKNS, M, mr_parms, volsz] = doTestLoadSurf()

workDir = '/Users/messis02/xinian-research/trt/GroupAna/SCA/test_freesurfer';

fname = strcat(workDir, '/lh.zmap.sm05.mgh');

[volRSFC, M, mr_parms, volsz] = load_mgh(fname);

fname = strcat(workDir, '/lh.thickness.sm05.mgh');

[volTKNS, M, mr_parms, volsz] = load_mgh(fname);
#-----------End-----------------------

2、如何保存matlab数据到surface格式文件:
#-----------Start----------------------
%% This is a test script for saving mgh surface data.

function [r] = doTestSaveSurf(R, M)

workDir = '/Users/messis02/xinian-research/trt/GroupAna/SCA/test_freesurfer';

fname = strcat(workDir, '/lh.R.RSFC-TKNS.mgh');

[r] = save_mgh(R, fname, M);
#-----------End-----------------------

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