今天想着写第一个所谓“技术贴”，因为上周有个NYU的中国留学生读了在NeuroImage上的文章，所以写信来问起如何把NIFTI格式的影像数据读到MATLAB中去，进行相关操作，然后再把结果写出到新的NIFTI格式的数据中。这里整理一下：其实目前看来几大影像学处理工具包都已经内建了与MATLAB的接口程序，只是因为大家没注意到或者需要一些自己的调整，都觉得非得自己写些代码来做这个事，其实不然。我会陆续以例子的形式给大家介绍如何使用这些接口程序：FSL、AFNI、FreeSurfer和SPM。今天贴FSL：

1、首先，保证你的机器已经安装了FSL；
2、其次，找到FSL安装目录下的etc目录，看到了吧，有一个叫matlab的目录在那，那就是接口程序；
3、然而，这个并不能直接拿来用，请用附件中的程序来替换这些文件，当然你感兴趣，可以看看我做了哪些调整，主要是和bash脚本设定有关的；
4、现在，打开MATLAB，设定PATH以包含刚才的etc/matlab目录；
5、最后，试试下面的代码：读入一个3D磁共振结构图像，然后把轴位中间的一副置零，再写出到一个新的3D磁共振结构图。

------------------Codes Start Here-------------------
[nii_data, dims] = avw_read('mri_3d.nii.gz'); %返回3D数组nii_data和数据的维数dims
nii_data(:,:,64) = 0; %中间轴位层置零
avw_save(nii_data, 'mri_3d_modified.nii.gz', 'i', [1 1 1 1]); %写出数据，后面两个参数是数据类型和各维resolution
------------------Codes End Here---------------------

完！
附件：FSL的MATLAB接口程序

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