多数国际一流杂志都采取严格的筛选过程，将从一半到90%的来稿直接退回。这一筛选过程的决策人，不同的杂志由不同的人士担当。多数杂志是由曾经做过科研工作但现已成为职业编辑的“前科学家”来决定。部分杂志如“Science”一般是由专门聘请的“审稿编辑”（Reviewing Editor）负责，他们均为有关领域的领军人物，但已未必仍然直接在科研第一线工作。只有少数一流的杂志，如PNAS、JCB等，主要是由仍然是现役科学家的编委或院士来作决定。说是作决定，由于是在很短时间内处理来稿，多是简单看看摘要和主要的图，然后写下三言两语作为评语，就把来稿打了回票。

 

往往只有少数稿件会送出进行同行评议。部分杂志如Cancer Research和JBC，通常都送本刊编委。如果编委认为必要，再加送另一专家。这种情况下一般由编委作最后决定，但主编、副主编或资深编委有权推翻编委的决定。当然绝大多数情况下他们都会尊重编委的意见，因为他们有求于编委，要靠他们来审稿。许多杂志还另外增加了一套评分系统，要求审稿人对稿件进行量化的评价。多数杂志还另设一栏，可供审稿人向编委提出不便告知作者的意见。有些审稿人虽然在给作者的评语中写得不痛不痒，但在给编委的意见中提出劣评，或在只提供给编委不透露给作者的评分中打低分，那么编委或副主编仍然会拒稿。当然编委和副主编也是大专家，还要维持基本的公正，也不会完全被审稿人牵着鼻子走。对于大多数商业出版的学术杂志，作为职业编辑的前科学家在整个审稿过程中起着至关重要的作用，不仅负责选定审稿人，而且可决定审稿人的哪些意见可以忽略或必须重视。

 

实际上质量较高的学术杂志（IF大于5）的编辑和编委经常不尊从审稿人的建议，特别是在审稿者意见分歧的时候。越是顶尖杂志（如Nature、Science和Cell），越有可能推翻审稿人的意见甚至在经过多轮审稿后仍然拒稿。虽然在同行评议中获得中肯的意见，如果编委认为有致命的缺点或需要补的实验太多，一般还是会拒稿。这种情况至少在生物医学类IF大于3的杂志是十分常见的，可能占1/4到1/3。

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