导读：

代谢组学火山图是在常规火山图的基础上，以点的大小表示PLSDA或者OPLSD模型的VIP值。以展示实验组 vs 对照组的差异代谢物。

Journal of Translational Medicine文章《Metabolomics combined with network pharmacology reveals a role for astragaloside IV in inhibiting enterovirus 71 replication via PI3K-AKT signaling》fig 4中的火山图展示了EV71组和对照组间的差异代谢物水平。图中X轴表示log2FoldChange，Y轴表示-log10(P-value)。点表示代谢物，点大小表示来自OPLS-DA模型的VIP值。以VIP>=1，p<0.05为阈值筛选差异代谢物，红色点表示上调代谢物，蓝色点表示下调代谢物，灰色点表示不显著。

代谢组学简介

代谢组学（Metabolomics）通过对不同生物体、细胞或组织中所有代谢物进行定性和定量分析，来寻找代谢物与生理病理、表型动态变化规律的关系。其研究对象主要是分子量<1500 Da的小分子物质，包括糖类、氨基酸、有机酸、胆汁酸、脂质、维生素等。

代谢组学可以分为非靶向代谢组学（Untargeted Metabolomics）和靶向代谢组学（Targeted Metabolomics）两种。非靶向代谢组学无偏向性地对所有小分子代谢物进行检测分析，而靶向代谢组学则针对指定列表的代谢产物进行分析，特别针对一种或几种途径的代谢产物。

在技术层面，代谢组学主要使用核磁共振波谱（NMR）、气相色谱-质谱（GC-MS）和液相色谱-质谱（LC-MS）等高通量、高分辨、高灵敏度的谱学技术进行分析。

代谢组学的应用非常广泛，包括遗传疾病分析、营养成分分析、临床样品分析、耐药性分析等。

代谢组学的发展对于理解生命过程中的代谢变化至关重要，它弥补了基因组学和蛋白质组学在生命科学研究中的不足，尤其是在反映机体系统的生理和病理状态方面具有独特的优势。

VIP简介

在代谢组PLS-DA（Partial Least Squares Discriminant Analysis，偏最小二乘判别分析）中，VIP（Variable Importance in Projection）是一种衡量代谢物对区分不同组别的重要性的指标，即区分实验组和对照组的贡献大小。代谢物的VIP值越高，表明此代谢物在模型构建中越重要，越能用来区分不同组别。通过分析VIP值，可以识别对分类或预测最有用的代谢物，简化模型并提高其解释力。在实际应用中，通常以VIP值大于1.0作为筛选标准，辅助标志代谢物的筛选。

1，打开作图URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_volcano_plot_with_vip_as_point_size_plot_241

2，示例数据

点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel打开。

示例数据包括4列：

第1列：代谢物名字，必需唯一

第2列：log2FoldChange，两组间的倍数变化（取log2）

第3列：pvalue，统计p值，一般为ttest的p值，不能为0

第4列：VIP。两组间代谢物的VIP值

3，输入检查

示例数据：点击输入框下面的“示例”按钮，将载入示例数据。

真实数据：数据放在excel中，调整好后，Ctrl+A选中数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V粘贴数据到输入框中。

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过，请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤，直到检查通过（如下图所示），然后可以继续选择参数。

注：输入检查是新加功能，它会根据不同模块的输入要求，逐行逐列检查输入数据，并给出提示，确保数据符合模块要求。

4，选择参数

图片大小：图片宽度，图片高度

待标注代谢物：一行一个代谢物名字，不要有特殊符号，大小写敏感。或者先用简单的名字代替，绘图后使用acrobat illustrator编辑文字。

轴说明字体大小：控制X轴log2Foldchange和Y轴-log10(p)的字体

轴刻度字体大小：控制X轴、Y轴数值刻度的字体

图例标题字体大小：图例标题的字体大小，即status和VIP的字体

图例字体大小：图例文字的字体大小，即Up，Down，Not sig的字体，以及点大小说明数字的字体

标注代谢物字体大小：待标注的代谢物名字的字体

颜色：上调点的颜色，下调点的颜色，不显著点的颜色。透明度默认0.6

颜色代表的类别：后边的代谢物个数为后台自动添加

点尺寸：控制VIP值对应点的最小值和最大值

Y轴p值最小值：小于该值的p值会强制转成该值。例如若p=0，则自动转成p=1e-100

X轴范围：同时留空则根据数据范围自动判断，同时有数值，则根据指定数值设置X轴范围

阈值：设置了p的阈值，FC的阈值（注意：不是log2FC），以及VIP的阈值。一般不考虑FC，仅考虑p和VIP值

轴说明：X轴和Y轴的文字说明，其中X轴的log2()，Y轴的-log10()为后台自动添加，用户仅需写括号里的文字即可

字体：设置了期刊杂志中最常用的两种：Times New Roman和Arial。如需使用其他字体，可以使用acrobat illustrator编辑生成的pdf或者svg图片

5，提交出图

检查通过，并且参数选好后，点击“提交”按钮，约3s后，会在页面上显示带VIP维度的代谢组差异火山图。我们提供了pdf、svg两种矢量图，png、tiff两种标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator等软件编辑矢量图，进行组图，调整字体等操作，以满足论文要求。

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