ARs在植物形态发生和发育中起着至关重要的作用。接穗的生根能力有限且效率低下，这对林业实践中林木的克隆繁殖的效率和品质构成了重大挑战。基于我们团队之前的研究，我们发现以1000 mg/L的浓度使用吲哚丁酸（IBA）显著提高了桑树的生根率。本研究旨在通过分析桑树韧皮部在IBA处理前后的RNA测序数据（时间间隔为10、20、30和40天），揭示这一效应的分子机制。确定了5226个差异表达基因（DEGs），这些基因被分类到GO术语和KEGG途径中，显示出激素信号过程的显著富集。使用加权基因共表达网络分析（WGCNA），我们确定了八个共表达模块，其中两个与IBA处理显著相关。此外，还发现了18个转录因子，这些转录因子可能有助于桑树ARs的形成，并对其顺式调控元件进行了探索性分析。本研究的结果为桑树ARs的机制提供了全面的理解，并为该物种中卓越遗传资源的发现和利用提供了理论支持。

1题目

Transcriptomic profiling and discovery of key transcription factors involved in adventitious roots formation from root cuttings of mulberry

2杂志

BMC Genomics；IF=3.5分

3链接

https://doi.org/10.1186/s12864-024-10593-8

4检测指标

Norminkoda提供qPCR

5主要内容

结果 1: 桑树4个时期根系形态变化

结果 2: 测序引物

结果 3: 测序数据统计表

结果 4: 样本测序数据与选定参考基因组的序列比对结果统计

结果 5: 样本表达的相关热图

结果 6: 差异表达基因(DEGs)分析

结果 7: 8个时期DEG表达趋势分析

结果 8: Go分析

结果 9: KEGG分析

结果 10:DEGs在植物激素通路中的表达

结果 11:转录因子分析

结果 12：WGCNA图谱

结果 13：核心转录因子的功能注释

结果 14：网络图

结果 15：启动子结合位点分析

结果 16：T-qPCR与RNA-seq结果的相关性分析

植物激素通过与转录因子等调控元件相互作用，指导细胞分裂、形态发生和功能分化，最终导致愈伤组织形成后的根和芽的再生，发挥重要的调控作用。在这项研究中，一个类似于愈伤组织的结构在插枝的伤口处形成，ARs随后由此发展。先前的研究表明，内源激素在插枝中不是独立作用的;相反，需要多种内源激素的协同作用来促进生根和芽化。其中，IAA是切割后ARs形成的关键调节因子，而细胞分裂素、茉莉酸、赤霉素、油菜素内酯、乙烯等激素通过与生长素和细胞分裂素的相互作用诱导或增强根原基的起始和ARs的形成。

通过分析IBA处理前后桑树韧皮部的RNA测序数据，我们发现了差异表达基因。随后，我们发现了18个可能促进ARs形成的转录因子。这些转录因子属于WRKY、NAC、MYB和TCP转录因子家族，与ARs的发生密切相关。对与这些转录因子相关的顺式调控元件的探索性分析表明，它们可能共同调控植物激素信号转导和AR的形成。这些家族可能在AR的产生中起着关键作用，值得进一步研究和探索。

声明：本文内容及图片部分来源于已见刊的文献，内容观点仅代表个人解读，具体参考原文.