CANTATAdb 3.0：植物lncRNA更新库

LncRNA是长度超过200个核苷酸的RNA分子，不具有编码蛋白质的能力，但参与基本的生物过程并具有广泛的功能。在植物中，它们在生长发育和逆境响应等不同环境中发挥着复杂的作用。这些功能可以通过影响基因表达的不同阶段来实现。例如，植物lncRNA可以通过与染色质结合来发挥其功能。其中一个例子是FLAIL，它被发现会抑制拟南芥的开花。Jin等人证明了FLAIL lncRNA结合特定染色质区域能够促进开花抑制因子的表达。此外，该lncRNA通过与剪接体复合物相互作用调节选择性剪接。植物lncRNA也可以作为miRNA诱饵或海绵。Yadav等人筛选了来自三种不同物种的lncRNA的特征，并在所有研究的植物中发现了不同miRNA的内源性靶位点，这表明这是细胞环境中微调miRNA活性的共同机制。也有研究表明，植物lncRNA通过与其他分子、蛋白质、DNA或RNA结合而发挥作用。例如，ASCO lncRNA控制对flagellin22的转录反应，并通过与剪接体核心的两个关键部分PRP8a和SmD1b以及已知调节选择性剪接的核斑RNA结合蛋白(NSRs)的物理相互作用，降低根生长对这一重要信号分子的敏感性。

越来越多的lncRNA在许多植物物种中被发现，这证明了它们在植物发育、生长和逆境反应中所起的作用，因此深入了解它们的性质和功能是必要的。考虑到这一点，本次介绍一款更新的CANTATAdb数据库(CANTATAdb 3.0，图1)，它包括108种藻类，其中包括6种藻类。对于已经包含在CANTATAdb先前版本中的物种，已经应用了更新的基因组(如果可用)，并使用了扩展的RNA-Seq样本集。CANTATAdb 3.0中引入的一个新颖之处是关于进化上保守的lncRNA数据，这些数据是从基因组-基因组比对(synteny)中推断出来的，并且通过相似性搜索方法独立地推断出来的。此外，CANTATAdb 3.0还包括植物部分或胚胎特异性表达的lncRNA。高表达特异性使它们有可能作为器官和发育阶段的标记物，并可能与其细胞作用有关。有趣的是，植物某一部分特有的lncRNA往往在其他物种的同一部分富集，这表明其具有保守的细胞作用。这些数据可以在http://cantata.amu.edu.pl和http://yeti.amu.edu.pl/CANTATA/上免费搜索、浏览和下载。

图1 CANTATAdb 3.0搜索界面

参考文献

[1] Szcześniak MW, Wanowska E. CANTATAdb 3.0: an updated repository of plant long noncoding RNAs. Plant Cell Physiol. 2024. doi:10.1093/pcp/pcae081

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6. EMT基因数据库：dbEMT

7. ​EMT基因调控数据库：EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

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12. 免疫信号通路关联的调控子数据库：ImmReg

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14. AgeAnno：人类衰老单细胞注释知识库

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19. 基因组、药物基因组和免疫基因组水平基因集癌症分析平台：GSCA

20. 首个全面的耐药性信息景观：DRESIS

21. 生物信息资源平台：bio.tools

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23. 包含细胞上下文信息的细胞互作数据库：CCIDB

24. HMDD 4.0：miRNA-疾病实验验证关系数据库

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