上一篇博文仅仅简单地将ISI公司给出的分区和Top Journals列出，已经引起很大的争议。实际上，这也并不意味着我完全同意ISI公司的划分。毕竟ISI公司仅仅是个公司，它不能做出评价科学研究的唯一标准。下面继续对物理学的刊物做个点评。ISI公司将Applied Physics Letters (APL)/Journal of Applied Physics (JAP) 列为Top Journals，肯定要得到许多人的反对。一个理由就是在APL/JAP上发表论文比PRL/PRA-E发表论文相对容易些。APL/JAP的引用因子也对应地比PRL/PRA-E低些。我认为ISI公司将APL/JAP列为Top Journals有一定的道理。道理就在于这是应用物理领域的顶级期刊，APL/JAP关注的是应用基础研究，当然无法与偏向于物理基础性研究的顶级期刊比较基础性。APL强调应用性、创新性。实际上，一篇文章如果在应用性方面有一点创新就有上APL的可能。当然，由于强调创新性以及发表论文的速度，APL通常仅有一个审稿人。所以，只要你点子正，或者运气好，很容易上一篇APL（当然，这也与各人的研究兴趣和风格有关，我就对APL没有找到很好的感觉，反而觉得PRB对我更适合，更对胃口，也更容易些）。无论如何，一个科学家如果能在APL发表许多论文，运气的成分就少了许多，这也就说明他已经在所从事的应用基础性研究方面做出一定的成就。我们也没有必要因为现在发表APL的论文相对较多，就说“你没有发表PRL，所以…”。我们没有必要非要让每个科学家都去做纯粹基础性的研究。评价标准要有多样性，科学共同体对科学家要有宽容性，这是我一直强调的观点。至于ISI公司为什么将JAP也列为Top Journals，我也没有想明白。我推测：可能ISI公司是个美国公司，对美国的期刊总还是有点偏爱吧。这仅仅是推测，不一定靠谱。当然，我猜测，划分顶级期刊除了考虑当下的影响因子外，可能还考虑该期刊的长期表现和在科学界的信誉度。

       下面谈谈没有被列入Top Journals的期刊。主要是些欧洲各国的物理学期刊，按照现在流行的标准它们大多不能称为顶级期刊。例如，英国的Journal of Physics系列甚至被ISI公司列入3区。但这些刊物都有非常悠久的历史，有些还是有辉煌的历史。Journal of Physics的前身是英国皇家物理学会的会刊，有悠久的历史。很长时期内一直是大家公认的物理学方面的好杂志。当然，有一段时间没有注意到美国期刊的“马太效应”的作用，期刊质量有所下降。最近几年，通过一些手段（如调制重视领域、增加拒稿率、缩短发表周期等），期刊质量有很大的改观。我曾经当过Journal of Physics Condensed Matters(JPCM)的顾问编委四年，了解到主编们对提高期刊质量的一些努力。在扩大期刊的规模和影响力（影响力与发表的文章数量成正比）同时又要增加SCI影响因子实在是个不容易的事。JPCM的拒稿率现在也相当高。我感觉现在JPCM的质量不应该在JAP之下，起码相当。

       在二次世界大战之前，欧洲是物理学研究的中心，特别是上世纪初的学术大家基本上都是欧洲人。建立量子力学和相对论的科学家基本上都是欧洲人。他们当时也没有什么顶级期刊的概念，有的是对科学真理的探求，对科学研究本质的追求，对科学研究事业的热爱。可以说是凭真性情从事科学研究，凭真性情发表科学论文。通常，这些科学家都是将论文发表在本国的学术刊物上。现在，谁能说出爱因斯坦1905年奇迹年发表五篇论文以及后来发表广义相对论的刊物名字？按照现在的标准它肯定不是顶级期刊。可是，在科学历史的长河中，在这个尺度下衡量，在所谓顶级期刊上发表的顶级论文的物理意义加起来可能也不顶那六篇论文。从这种意义上分析，在这个尺度下，谁又敢说那个默默无名的小期刊不是顶级期刊？当然，我们可以说，现在是现在，过去是过去。但是，如果我们所谓的顶级期刊不能保证将所有的高水平论文一网打尽，今后难保不会重现一个无名期刊发表了爱因斯坦量级的工作。这也就是无名期刊存在的意义和价值所在。另外，那些发表在顶级期刊的文章说不定就是受某个发表在无名期刊上的垃圾文章的启发而做成的。如果我们武断地认为唯有PRL以上期刊上的文章才值得尊重，其它刊物上发表的文章均一钱不值，是一些垃圾文章。我们是否可以设想这样的场景：将其它刊物统统关闭，仅仅留下几个顶级期刊发表顶级论文。哈哈，不但我等滥竽充数之辈被砸掉饭碗。整个科学界可能也是灰暗一片。因为水致清则无鱼。一个生长许多不同品种的树木甚至灌木丛和杂草的地方才能称之为森林，森林里的生物存在着一个自然的生物链，才能形成丰富多彩的世界。只生长一种树木的人工林必然是没有生机的。这个简单的道理对科学共同体以及期刊也是适用的。

附件为2006年SCI影响因子