在一个图中包括序列比对和进化树可以有效地突出进化树单独无法传达的序列特征，例如酶活性位点的氨基酸，或特别相关的插入缺失（indels）。

直接打开我们的进化树,它应该是这个样子的：

进入Modules→Plot actions👉Plot elements去掉并不那么重要的分支长度标签

准备一个fasta的比对文件（.fas格式），

在Attachments-add attachment中上传该文件

然后进入Modules-Plot actions-添加新的Plot elements并选择我们的alignment文件

但是这个地方有一部分的比对结果显示不出来,坐等大佬提出解决问题的办法了

然后，我们将共同祖先对应的分支进行染色，

首先,我们点击具有相同祖先的分支：

点击后,我们的右侧会出现

点击add attribute 会出现

然后在你的左侧，勾选Apply recursively t all children，并在NEW Value处写下想写的备注。

然后ctrl+shift+C可以选择颜色(邪门，我们的Color picker怎么没有ok)