《旧唐书》《新唐书》《资治通鉴》对秦琼是否参与李世民兄弟阋墙之事持有不同的态度，《旧唐书》持接受的态度，而《新唐书》和《资治通鉴》对此持否定的态度，这体现了三本史书对原始史料甄选的差异。《旧唐书》关于秦琼参与该事的记载有三处，分别见于《旧唐书本纪卷二·太宗上》《旧唐书列传卷十八·秦叔宝传》和《旧唐书列传卷八·长孙顺德传》。《太宗本纪上》和《秦叔宝传》仅提及秦琼参与了该事，没有具体事宜；反而《长孙顺德传》到提及他与秦琼等讨建成余党于玄武门。但《旧唐书列传卷十八·尉迟敬德传》和《旧唐书列传卷十八·张公谨传》关于此事有较为详细的描述，却没有任何关于秦琼和长孙顺德参与的痕迹，特别是《张公谨传》中有“六月四日，公谨与长孙无忌等九人伏于玄武门以俟变。及斩建成、元吉，其党来攻玄武门，兵锋甚盛。公谨有勇力，独闭门以拒之”。上述记载表明，《旧唐书》所基于的史料存在相互不支持甚至相左的情况，实际上并不能证实秦琼参加了该事。同时，相关史书也都没有关于秦琼曾参与事前谋划的记载。另外，秦琼很可能在此事前四年就已经退隐在家。因此，秦琼很可能并没有参与该事，相关史料可能是出于某种目的而有意为之。

此外，有一条很重要的可以用于认定秦琼参与该事的线索：《秦叔宝传》提到“六月四日，从诛建成、元吉。事宁，拜左武卫大将军，食实封七百户”。这个记载，容易理解为秦琼因参与该事，并因功拜左武卫大将军。但《太宗本纪上》仅有秦琼“食实封七百户”的记录，并明确是武德九年十月，也就是李世民八月登基之后；并没有关于秦琼“拜左武卫大将军”的任命。考《资治通鉴卷第一百九十一》有“秋，七月，……。以秦府护军秦叔宝为左武卫大将军，又以程知节为右武卫大将军，尉迟敬德为右武候大将军”记录。表明秦琼的“拜左武卫大将军”发生在武德九年七月，也就是该事之后，但在李世民登基之前，也就是这个任命是李渊的旨意。这条线索恰恰反而证明秦琼没有参加该事，甚至可能像传言一样，曾经劝阻程咬金参与。李渊此时对秦琼的任命实际上是对秦琼的保护，使秦琼在李世民登基前从秦王府属官的地位中解脱出来，这确保了秦琼能够安度余生。秦琼从此也就因伤病归隐于家，直至十二年后病逝。