POVME3.0可以计算分子动力学过程中，蛋白的活性口袋体积大小的一个小程序。它可以根据配体小分子的名字来定义活性口袋，将配体小分子周边的氨基酸残基识别为活性口袋。该程序使用很简单，对于监测蛋白质活性位点口袋体积随模拟时间变化非常有帮助。但是本人在使用过程中遇到了一个bug，活性位点口袋体积会因为构象取样数量不一致导致同一个构象的活性口袋体积发生变化。如蛋白构象取第一帧做活性口袋计算和取第一帧、第二帧做活性口袋计算时，两次计算得到的第一帧活性口袋体积会出现差异。第一次计算时第一帧计算的口袋体积为227ų，然而取第一帧和第二帧蛋白构象计算活性口袋体积时，此时第一帧活性口袋体积为202ų。

经多次测试后发现POVME3确实存在此bug，本文只记录本人在使用过程中遇到的一些情况，请勿随意转发，欢迎交流讨论。